De naam van het dorp Auffe werd in 934 voor het eerst vermeld als Harfia. Aanvankelijk behoorde Auffe toe aan de abdij van Saint-Hubert. Vanaf de 12de eeuw ging het dorp deel uitmaken van de heerlijkheidHan-sur-Lesse dat tot het provoostschap Marche behoorde dat zelf deel uitmaakte van het hertogdom Luxemburg. In de middeleeuwen was er een loodmijn die tot 1838 zou uitgebaat worden. Tot aan de Tweede Wereldoorlog waren er eveneens steengroeven.
Bij de vorming van de gemeenten in 1795 werd Auffe een zelfstandige gemeente met 70 inwoners (volkstelling 1801). Wegens het geringe aantal inwoners (75 inwoners op het einde van 1823) werd de gemeente in 1826 opgeheven en bij Ave gevoegd. Nochtans was er geen gemeenschappelijke geschiedenis tussen de twee gemeenten daar Ave tot het prinsbisdom Luik en later tot het hertogdom Bouillon behoord had. De nieuwe fusiegemeente kreeg de naam Ave-et-Auffe.
Sint-Lambertuskapel
Kerkelijk was Auffe steeds afhankelijk van de parochie Ave en het dorp had zijn eigen kapel. In 1875 werd Auffe een hulpparochie van Ave en werd de 13de-eeuwse Sint-Lambertuskapel verheven tot hulpkerk. Ze werd in 1966 volledig gerestaureerd en in 1977 beschermd als monument.