De eerste Europeaan die het eiland ontdekte, was de Portugees Nuno Tristão in 1443. In 1445 stichtte Hendrik de Zeevaarder in naam van Portugal een handelspost op het eiland om de slavenhandel te bevorderen. In 1448 werd er een fort bijgebouwd, waarna het eiland het centrum van de Portugese slavenhandel werd.
Een einde aan de Portugese handel kwam op 5 februari 1633 toen de West-Indische Compagnie in naam van de Republiek der Verenigde Nederlanden het op de Portugezen veroverde. De Compagnie gebruikte het echter voor andere doeleinden, zoals de handel in gom.
In 1665 deed Engeland zonder succes een poging het eiland te veroveren. Frankrijk veroverde het eiland op 1 september 1678; zij vernietigden echter alles wat bruikbaar was en verlieten het nog dezelfde maand. Tot 1685 zou het eiland er verlaten bijliggen.
Op 1 oktober 1685 stichtte het keurvorstendomBrandenburg een handelspost op het eiland, waarna het eiland vanaf 1701 onder Pruisische heerschappij) kwam. Op 7 maart 1721 veroverden de Fransen het opnieuw. Nederland had het een korte periode (11 januari 1722 - 20 februari 1724) in bezit, waarna het opnieuw naar Frankrijk ging. Frankrijk bleef nog vier jaar op het eiland, waarna het in maart 1728 naar lokale machthebbers ging.
Met de kolonisatie van Mauritanië, rond 1902, door Frankrijk kwam Arguin weer aan Frankrijk toe. Sinds 1960 hoort het bij Mauritanië.
Gouverneurs van Arguin
In de loop der jaren had het eiland, buiten de plaatselijke stamhoofden, gouverneurs van verschillende Europese mogendheden. De onderstaande lijst is onvolledig.
Portugees bestuur (1445-1633)
1445-xxxx – -----------
1461-14xx – Soeiro Mendes de Évora
1492-1495 – Afonso de Moura
1499-1501 – Fernão Soares
1505-1508 – Gonçalo de Fonseca
1508-1511 – Francisco de Almada
1514-1515 – Pero Vaz de Almeida
1515-xxxx – Estêvão da Gama
1518-xxxx – António Porto Carreiro
15xx-1522 – Gonçalo da Fonseca
1543-xxxx – João Gomes
xxxx-1549 – Gil Sardinha
1549-xxxx – Cristóvão de Rosales
1569-xxxx – Leonel da Gama
1575-xxxx – João Leite Pereira
xxxx-xxxx – Rodrigo Freire
1623-1624 – Amador Lousado
1624-16xx – Francisco Cordovil
xxxx-1633 – veroverd door de WIC op 5 februari 1633.