In 1893 stichtten enkele studenten Altonaer Cricketclub maar al snel ging de interesse over naar voetbal en de naam werd veranderd in Altonaer FuCC en daarna in Altonaer FC.
In 1919 fusioneerde de club met Altonaer TS 1880, een unie die maar tot 1922 zou duren, in die tijd was de club bekend als VfL Altona. Na de split nam de club de naam Altonaer FC 1893 VfL aan. Een nieuwe fusie in 1938 met Borussia 03 Bahrenfeld creëerde Altonaer FC 93 Borussia. Tussen de Eerste en de Tweede Wereldoorlog speelde de club altijd in de hoogste klasse. Na de reorganisatie van de competitie onder impuls van het Derde Rijk speelde de club eerst in de Gauliga Nordmark en later in de Gauliga Hamburg.
Na de oorlog speelde de club in de stadsliga Hamburg alvorens te promoveren naar de Oberliga Nord. Ze eindigden 2 keer 3de (in 1954 en 1958).
Na de vorming van de Bundesliga in 1963 werd de club in de Regionalliga Nord (II) ingedeeld waar de club tot 1968 speelde. Tussen 1969 en 1981 speelde de club in de 3de en 4de klasse alvorens te degraderen naar de Landesliga Hamburg-Hammonia. In 1979 had de club de naam Altona FC aangenomen.
Sinds de jaren 80 gaat de club op en neer tussen de 3de en 5de klasse. In 1997 speelde de club een seizoen in de Regionalliga Nord maar trok zich vrijwillig terug. In 2008 promoveerde de club terug naar de Regionalliga Nord, maar door de invoering van de 3. Bundesliga bleef de club wel op het vierde niveau spelen. Na één seizoen degradeerde de club weer. In 2017 kon de club weer promotie afdwingen, maar kon ook nu het behoud niet verzekeren. In het seizoen 2019/20 gaan de Hamburgers het opnieuw proberen in de Regionalliga Nord.