Het seizoen 1968/1969 was het 15e jaar in het bestaan van de Apeldoornse betaald voetbalclub AGOVV. De club kwam uit in de Tweede divisie en eindigde daarin op de 17e plaats. Tevens deed de club mee aan het toernooi om de KNVB beker, hierin werd in de eerste ronde verloren van Feijenoord (0–5).