Jepun mempunyai sistem lebuh raya kebangsaan (一般国道code: ja is deprecated , Ippan Kokudō) berbeza daripada laluan ekspres. Kementerian Tanah, Infrastruktur, Pengangkutan dan Pelancongan serta agensi kerajaan lain mentadbir lebuh raya kebangsaan ini. Bermula pada tahun 1952, Jepun mengklasifikasikan ini sebagai Kelas 1 atau Kelas 2. Lebuh raya Kelas 1 mempunyai nombor satu atau dua digit, manakala lebuh raya Kelas 2 mempunyai nombor tiga digit. Sebagai contoh, laluan 1 dan 57 adalah lebuh raya Kelas 1 manakala 507 (yang mempunyai nombor tertinggi) adalah lebuh raya Kelas 2.
Pindaan tahun 1964 kepada undang-undang yang memerintah mengakibatkan penyatuan kelas yang berkuat kuasa pada April tahun berikutnya. Lebuh raya bernombor sejak masa itu mempunyai nombor tiga digit, jadi nombor 58–100, yang setakat ini tidak digunakan dan kekal tidak digunakan. Walau bagaimanapun, apabila Wilayah Okinawa berbalik kepada kawalan Jepun pada 1972, Laluan 58, dengan titik akhir selatannya di ibu kota Okinawa iaitu Naha telah ditubuhkan. Nombor dari 59 hingga 100 kekal tidak digunakan. Beberapa nombor lain telah dikosongkan oleh penyatuan atau pertukaran laluan: 109 (bergabung dengan 108), 110 (dinomborkan semula sebagai 48), 111 (dinomborkan semula sebagai 45), 214–216 (digabungkan menjadi 57).
