Dilahirkan di kampung Kauman Yogyakarta dengan nama R. Hidayat, Ki Bagus merupakan anak lelaki ketiga antara lima orang anak Raden Kaji Lurah Hasyim, seorang kakitangan di pejabat agama Islam di KratonYogyakarta.
Ki Bagus mendapat pendidikan sekolah awam (kini SD) dan pendidikan agama di sebuah sekolah agama berasrama tradisional di Wonokromo Yogyakarta. Selanjutnya, beliau pernah menjadi Ketua Majlis Tabligh (1922), Ketua Majlis Tarjih, anggota Suruhanjaya MPM Hoofdbestuur Muhammadijah (1926), dan Ketua PP Muhammadiyah (1942-1953).
Ki Bagus aktif menulis karya. Antara lain, karya-karyanya termasuk: Islam Sebagai Dasar Negara, Achlaq Pemimpin, Risalah Katresnan Djati (1935), Pustaka Hadi (1936), Pustaka Islam (1940), Pustaka Ichsan (1941), dan Pustaka Iman (1954).
Ki Bagus menjadi Ketua Muhammadiyah selama 11 tahun (1942-1953) dan meninggal dunia pada usia 64 tahun. Kerajaan Republik Indonesia telah melantiknya sebagai Pahlawan Perintis Kemerdekaan Nasional Indonesia.