Andrius Gelgaudas Šakaičiuose (buvęs kaimas dabartinių Šakių vietoje) 1689 m. pastatė medinę koplyčią. Joje kas trečią sekmadienį Gelgaudiškio klebonas laikydavo pamaldas. Gelgaudiškio savininkė Antonija Valdšteinaitė-Sapiegienė 1719 m. bažnyčiai paskyrė valaką žemės, 3000 auksinų ir po 100 auksinų kasmet. Kunigaikštis Mykolas Čartoriskis sunykusios koplyčios vietoje pastatė medinę bažnyčią. Ji buvo Gelgaudiškiofilija. 1801 m. įkurta parapija, 1802 m. – parapinė mokykla. Bažnyčia 1823 m. parapijiečių atnaujinta.
Kunigo Br. Vaišnoro rūpesčiu pagal architekto Vytauto Landsbergio-Žemkalnio projektą 1934–1940 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. 1944 m. sudegė senoji medinė bažnyčia, susprogdintas mūrinės bažnyčios bokštas. Pamaldos laikytos mūrinėje klebonijoje. 1947 m. atstatytas gerokai žemesnis bokštas, suremontuotas bažnyčios vidus. 1973 m. pastatyti 5 nauji altoriai, lubos išpuoštos gipsatūra.
Architektūra
Bažnyčia turi modernistinio renesanso bruožų, stačiakampio plano, vienabokštė. Vidus 3 navų, vidurinioji aukštesnė. Šventoriaus tvora metalinė. Jame palaidotas kunigas Saliamonas Samuolis (1915–1987), (Šakiuose nuo 1967 m.), tremtinys.
