Upėvardis kildinamas nuo gyvūno pavadinimo vilkas[1].
Vilkaviškio pavadinimo kilmė
Kalbininkas Aleksandras Vanagas spėjo, kad „miesto vardas yra priesagos -iškis vedinys iš upės, prie kurios įsikūręs miestas, vardo Vilkauja. Pirmesnė miesto vardo lytis buvo Vilkaujiškis, vėliau virtusi patogesniu ištarti variantu Vilkaviškis“.