1579 m. popiežiaus nuncijusViduklėje rado vikarą (tada pamokslą lietuviškai pasakė jėzuitas M. Sedkovskis). Nuo 1579 m. veikė parapinė mokykla (minima ir 1632 m., atkurta 1781 m.). Apie 1699 m. pastatyta bažnyčia. Motiejus Beržinskis1800 m. įsipareigojo pastatyti naują bažnyčią. Ji, baigiama statyti, 1804 m. sudegė.
1806 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia. 1841 m. parapijai priklausė Vadžgirio ir Eržvilko filijos. Klebonas turėjo 3 valakus ir 4 margus žemės. Viduklėje gyveno 3 kunigai. 1940 m. Viduklės parapijai priklausė Paupio ir Žalpių filijos.
1976–1982 m. klebonavęs Alfonsas Svarinskas buvo suimtas ir nuteistas 7 m. pataisos darbų už pernelyg aktyvią veiklą (pvz., rengdavo religines vakarones). 2017 m. jo atminimui prie šventoriaus vartų pastatytas atminimo ženklas su bareljefu.
Architektūra
Bažnyčia stačiakampio plano, su bokšteliu. Šventoriaus tvora akmenų mūro. Prie jos – 3 tarpsnių varpinė (apatinis – akmenų mūro, viršutiniai – mediniai).