Jonavos rajono savivaldybės administracija per 2006–2008 metus įgyvendino projektą „Varnakos upelio baseino dalies, esančios Jonavos mieste, išvalymas ir sutvarkymas“. Papildomos lėšos skirtos 500 m upelio vagai žemupyje išvalyti. Sustabdyti eutrofikacijos (vandens „žydėjimo“) procesai tvenkiniuose, panaikinta jų vizualinė tarša, sutvarkytas kraštovaizdis, išvalytas dumblas ir pakrantės.