Miesto pavadinimas tiurkų kalbomis reiškia „akmeninė tvirtovė“ (taš – 'akmuo', kurgan – 'kapas, pilis, tvirtovė'). Nuo seno tai buvo svarbus šilko kelio mazgas, čia kirtosi keliai iš Kašgaro, Kargalyko, Badachšano, Vachano, Čitralio, Hunzos. Han dinastijos knygoje „Hanšu“ Taškurganas įvardijamas Puli karalystės sostine. III a. knygoje „Veiluė“ minimos Manli karalystės galima sostinė. Pasak vienos versijų, tai galėjęs būti Ptolemėjaus minimas „akmeninis bokštas“, jungiantis Europą ir Kiniją.
XIII a. Taškurganas buvo Sarikolio karalystės sostine. Buvo pastatyta tvirtovė, zoroastrų šventykla.
