Pirmąją bažnyčią Nemuno apatinėje terasoje 1634 m. pastatė vaivada M. Pacas. 1634 m. įsteigta parapinė mokykla. Naugarduko vaivada Mikalojus Sapiega1635 m. bažnyčiai dovanojo Stačiūnų kaimą, klebonui skyrė 200 auksinų metinę pašalpą, įpareigojo jį išlaikyti mokytoją ir rūpintis giedojimu. XVII a. pabaigoje bažnyčia perstatyta. Ji 1806 m. buvo sena ir supuvusi, 1821 m. nugriauta, pastatyta laikina.
Nauja bažnyčia suręsta 1823 m., 1829 m. potvynio nuplauta ir sugriauta. 1830 m. vėl pastatyta laikina bažnyčia, kurioje buvo įrengtas vienas altorius iš surastų liekanų. Jau kitais metais bažnyčia buvo išplėsta, nes pagelbėjo Vilniaus gubernijos žemių teisėjas Vincentas Juozapavičius. Ji stovėjo jau aukštesnėje vietoje, dabartinių kapinių vietoje, kur negrėsė potvynis. Jos dydis buvo 11x7 sieksnių, turėjo tris altorius.
1841 m. laikinoji bažnyčia buvo begriūvanti. Medines atramas pakeitė pamūris, buvo sustiprintos sienos. Darbais rūpinosi tuometinis klebonas Juozas Jurgelevičius. Eiliniai remontai vyko iki pat XIX a. pabaigos.
Seredžiaus vikaras Juozapas Rozga 1863 m. iš sakyklos perskaitė sukilėlių atsišaukimą. Už tai jis 10–čiai metų buvo išsiųstas į katorgą.
1890 m. pradėta rūpintis naujos mūrinės bažnyčios statyba, iškeliant ją iš kapinių teritorijos. 1891 m. prašyta leisti statyti naują mūrinę bažnyčią, buvo vežami akmenys. 1892 m. kovo 31 d. Feliksas Rudokas perėmė bažnyčią iš Vitalijaus Kajetono Dembskio ir tęsė pradėtus organizacinius darbus. 1896 m. patvirtintas jos projektas. Statybos pradėtos 1897 m. Medinė bažnyčia, stovėjusi kapinių rytiniame kampe, 1907 m. gruodžio 5 d. sudegė. 1909 m. mirus klebonui F. Rudokui, mūrinės bažnyčios statyba užsitęsė (pastatyta 1913 m.).
1938–1939 m. bažnyčia uždengta nauja cinkuota skarda. 1939 m. įvesta elektra.
Antrojo pasaulinio karo metais bažnyčia buvo nuniokota, tačiau vykę stambūs remontai jos erdvinės ir planinės struktūros nekeitė. 1967 m. remontu rūpinosi kunigas Ričardas Mikutavičius.
Bažnyčią suprojektavo Piotras Serbinovičius. Ji neorenesansinė, stačiakampio plano, halinė, dvibokštė, su penkiasiene apside. Aukšti bokštai supa žemesnį frontoninį protarpsnį. Vidus 3 navų. Šventoriaus tvora tik priekyje mūrinė, ažūrinė, kitur – metalinė.
