Kaimo gilią senovę mena 1957 m. kasant žvyrą suardyti kapai (Seiliūnų kapinynas) su gausiomis įkapėmis. Pagal jas archeologai nustatė, kad čia laidoti žmonės IV–V šimtmečiais. Tokių radinių rasta dar 1968 ir 1971 m. Jie saugomi Vilniaus muziejuje. 1547–1559 m. Seiliūnai jau buvo ir priklausė Radvilų dvarui Seirijuose. Vėliau, 1688 m., kaimas atiteko Prūsijos elektoriams. Esant Prūsijos valdovų nuosavybėje, jame buvo apgyvendinta keletas šeimų vokiečių kolonistų, kurių dauguma buvo amatininkai. 1917 m. kaime gyveno – 221 žmogus.
Nepriklausomybės metais (1920 m.) Seiliūnuose įsteigta pradžios mokykla, kurią lankė Seiliūnų, Mankūnėlių. Seirijočių ir Roičių kaimo vaikai. Mokykla iš pradžių glaudėsi ūkininkų pirkiose, tačiau vėliau ūkininkas Jonas Bražinskas savo lėšomis pastatė atskirą pastatą.