Kurį laiką dirbo Jonavos baldų kombinate, po to tarnavo sovietinėje kariuomenėje. Grįžęs iš jos, lankė parengiamuosius kursus, rengėsi stoti į Vilniaus universitetą. Domėjosi gamta, augalija (nors labiau jį traukė smulkioji gyvūnija). Susipažino su Zoologijos ir parazitologijos instituto tuometinio Bestuburių zoologijos sektoriaus darbuotojais.
1979–1989 m. LSSR mokslų akademijos Zoologijos ir parazitologijos instituto laborantas, vyresnysis laborantas, jaunesnysis mokslinis bendradarbis; nuo 1990 m. Ekologijos instituto asistentas, mokslinis bendradarbis. 1994 m. Ekologijos institute (Vilniuje) apgynė gamtos mokslų daktaro disertaciją „Lietuvos minuojantieji dvisparniai vabzdžiai” (mokslinis vadovas V. Jonaitis), gamtos mokslų daktaras.[1]
Aprašė Lietuvos minuojančių dvisparnių vabzdžių fauną, išaiškino daugelio rūšių mitybinę specializaciją, rajoninį ir stacinį pasiskirstymą, daugiametę ir sezoninę gausumo, trofinių ryšių bei stacinio pasiskirstymo dinamiką.
Parašė knygą „Augalus minuojantys vabzdžiai“ (1985 m., su kitais autoriais. Leidinių “Žuvinto rezervatas” (1993 m., rusų k.), „Lietuvos valstybinių rezervatų flora ir fauna“ (1997 m.) bendraautoris.
Saulius Pakalniškis pirmą kartą aprašė naujas mokslui minamusių rūšis:
Minamusė (Liriomyza labanoro). Rūšį 1992 m. aprašė pagal Švenčionių raj.Rudiškėse pagautą pavyzdį.
Minamusė (Liriomyza lituanica). Rūšį 1992 m. aprašė pagal Ignalinos raj.Antagavėje pagautus pavyzdžius.
Minamusė (Pseudonapomyze stanionyteae). Rūšis aprašyta iš Ignalinos raj., kur 1988 m. ją pagavo A. Stanionytė.
ir kt.
Straipsniai
Pakalniškis ir kt. 2000. Checklist of Lithuanian Diptera. Acta Zoologica Lituanica 10 (1): 3-58.
Pakalniškis S. Notes of Lithuanian Agromyzidae (Diptera) with the description of three species new to science. // New and rare for Lithuania insect species. Records and descriptions of 1992. – Vilnius, 1992. P. 47-56
