Popiežius Grigalius XIII įkūrė Graikų reikalų kongregaciją, kuri turėjo reformuoti bazilijonų ordiną ir palaikyti bizantiškąsias apeigas. Popiežius Grigalius XV savo 1622 m. bulėje „Inscrutabili divinae providentiae“ klausimus, susijusius su Rytų Katalikų bažnyčiomis, perdavė Tikėjimo platinimo kongregacijai. Joje popiežius Urbonas VIII sukūrė atskirą Rytų apeigų reikalų komisiją.
1917 m. savarankišką Rytų Bažnyčių kongregaciją įkūrė popiežius Benediktas XV, paskelbęs savo Motu proprio „Dei Providentis“.[2]
Po II Vatikano susirinkimo reformuojant Romos kuriją, buvo sukurtos atskirų apeigų (aleksandriečių, bizantiečių, armėnų) valdybos, kongregacijai vadovauti paskirtas kardinolas prefektas, o jos nariais tapo Rytų katalikų patriarchai, aukščiausieji arkivyskupai, o taip pat ir kardinolas, vadovaujantis Popiežiškajai krikščionių vienybės tarybai.[3] Po II Vatikano susirinkimo prisidėjo svarbus tikslas – plėtoti ekumeninius ryšius tarp krikščioniškųjų bažnyčių.[1]