1794 m. generolas P. Sapiega aktyviai dalyvavo ruošiantis Tado Kosciuškos sukilimui. Iš sukilimo vadovybės gavo generolo-leitenanto titulą ir tapo atskiros divizijos vadu. Tolimam giminaičiui, kunigaikščiui Kazimierui Nestorui Sapiegai atsisakius LDK sukilimo vado titulo, Tadas Kosciuška1794 m. balandžio 14 d. šias pareigas pasiūlė P. Sapiegai. Tačiau 1794 m. gegužės 2 d. P, Sapiega jų atsisakė dėl kompetencijos stokos. 1794 m. gegužės 14 d. P Sapiega neteko sukilimo divizijos vado pareigų ir dalyvavo mažiau žymiose ir sėkmingose karinėse operacijose – vadovavo sukilėlių veiksmams Slanimo, Valkavisko pavietuose ir Rytų Palenkėje.
Po 1794 m. sukilimo numalšinimo P. Sapiega prisiekė ištikimybę Jekaterinai II ir išvengė Rusijos vadovybės ketinimo konfiskuoti daugybę jo dvarų, padėjo ir ryšiai su kunigaikščiu Nikolajumi Vasiljevičiumi Repninu (1734–1801).
Vėliau daug keliavo po Europą, dažnai lankė Vilnių, tačiau pasižymėjo prorusiškomis politinėmis nuotaikomis.
1801 m. P. Sapiega vėl buvo išrinktas bajorijos atstovu dalyvauti Aleksandro I, kurio amnestijos prašė lenkų ir lietuvių emigrantai, 1794 m. sukilimo dalyviai, karūnacijoje.
Buvo vienas iš didžiausių LDK dvarų valdytojų ir savininkų. Jam priklausė Ružanai, Derečinas, Zelva, Visokoje, Mišas, Senasis ir Naujasis Bychavas, Druja, Užpalių ir kiti dvarai. Ružanuose ir Derečine išlaikė dvaro teatrus.
Šeima
1793 m. vedė grafaitę Pelagiją Rožę Potocką, grafo Stanislovo Felikso Potockio (1751–1805) ir Žozefinos Amalijos Mnišek (1752–1798) dukterį. Vaikai:
Вялікае княства Літоўскае: Энцыклапедыя. У 3 т. / рэд. Г. П. Пашкоў і інш. Т. 2: Кадэцкі корпус – Яцкевіч. – Мінск: Беларуская Энцыклапедыя, 2005. – 788 с.: іл. ISBN 985-11-0378-0.
Энцыклапедыя гісторыі Беларусі. У 6 т. Т. 6. Кн. 1: Пузыны – Усая / Беларус. Энцыкл.; Рэдкал.: Г. П. Пашкоў (галоўны рэд.) і інш.; Маст. Э. Э. Жакевіч. – Мн.: БелЭн, 2001. – 591 с.: іл. ISBN 985-11-0214-8.