Pirmoji bažnyčia pastatyta iki 1579 m. XVI a. pabaigoje buvo apleista, neturėjo kunigo. 1636 m. bažnyčia aprūpinta žeme ir kitais turtais. Ji sudegė, 1780 m. atstatyta, 1814 m. trenkus žaibui vėl sudegė, pastatyta laikina. 1820 m. įkurta parapinė mokykla. 1826 m. pastatyta mūrinė bažnyčia.
1881–1882 m. pastatyta nauja. Nuo 1900 m. klebonas Vincas Bijeika ragino tėvus neleisti vaikų į cerkvės mokyklą, todėl 1902 m. iš Nemakščių iškeltas. Klebonas Vincas Pacevičius 1902 m. iš sakyklos taip pat draudė katalikų vaikams lankyti cerkvės mokyklą. XVIII a. pab.-1932 m. Nemakščiuose veikė bažnytinis lėlių teatras. Kasmet Šv. Velykų išvakarėse suaugusių žmonių dydžio medinėmis skulptūromis vaizduotas Kristaus kančios kelias.
1941 m. bažnyčia sudegė. 1942–2008 m. gretimame sklype stovėjo laikina medinė, veikusi iki 2002 m. 1992 m. pradėta statyti dabartinė bažnyčia. Ji konsekruota 2001 m. gruodžio 30 d.
Kun. Stasio Šlepavičiaus iniciatyva senosios bažnyčios vietoje buvo pastatyta Lurdo grota,[1] dedikuota Švč. M. Marijos apsireiškimo Lurde 150-osioms ir Šiluvoje 400-osioms metinėms paminėti. 2008 m. lapkričio 9 d. ją pašventino Telšių vyskupas Jonas Boruta. Grotą pastatė per tris mėnesius. Žmonės suaukojo apie 70 tūkst. litų. Aukotojų vardai įamžinti atskiroje lentoje. Akmenų iš aplinkinių laukų atvežė 39 krovininius sunkvežimius ir traktorių priekabas. Už Švč. Mergelės Marijos statulos nugaros pastatytas 11 t sveriantis akmuo. Šalia įrengtas fontanas-tvenkinys, kuriame telpa 11 kub. m vandens. Prieš Kalėdas čia įrengiama prakartėlė, naktimis grota apšviečiama.
Šventoriaus pietrytiniame kampe palaidotas prel. Petras Butkus (1914–1993), šios bažnyčios statybos rėmėjas.
Bažnyčios statyba
1989 m. klebonas Kazimieras Rimkus su parapijiečiais nutarė, kad Atgimimą geriausiai būtų ženklinti naujosios bažnyčios statyba. Bažnyčios statybai buvo sunešta po 300 rublių. 1992 m. bažnyčios kertinį akmenį pašventino vyskupas Antanas Vaičius. Darbų pradžia buvo džiuginanti. 20 darbininkų liejo pamatus, kildino mūrą, dengtą skaldytais akmenimis. Tačiau ėmė trukdyti statybinių medžiagų brangimas, todėl sukauptos lėšos pradėjo mažėti. Iškilus grėsmė, jog darbai neribotam laikui sustos, padėjo kilusio iš Nemakščių apylinkių, gyvenusio Australijoje monsinjoro Petro Butkaus pastangos. Jis ir padovanojo didelę sumą pinigų bažnyčios statybai, o kiek vėliau prieš mirtį testamentu užrašė visą turtą Telšių vyskupijai, kuris ir buvo naudojamas Nemakščių bažnyčios statybai. Monsinjoras aplankyti gimtinę ir pamatyti bažnyčią nespėjo.
1994 m. pradėta dengti skardos stogą, vykdyti vidaus apdailos darbus. Susiklosčius beviltiškai materialinei situacijai, finansinės pagalbos kreiptasi į šalies vyriausybę, Seimą. 1997 m. Raseinių rajono valdžia skyrė 50 000 Lt bažnyčios statybai.
Architektūra
Laikinoji bažnyčia buvo medinė, stačiakampio plano, su 2 bokšteliais. Šventoriaus tvora medinė, su mūriniais stulpeliais. Šioje vietoje įrengta Lurdo grota.
Dabartinė bažnyčia mūrinė, stačiakampio plano su 1 bokštu. Išorės apdailai naudota skaldytų lauko akmenų ir balto tinko kombinacija. Šventoriaus tvora lauko akmenų, išlikusi po 1941 m. bažnyčios gaisro. Bažnyčios autorius – architektas Vytautas Makaraitis (1950–2009 m.).
Rūsyje įrengta parapijiečių susibūrimo ir šarvojimo salė.
