Per Antrąjį pasaulinį karą Miliūnų gyventojai, daugiausia rusai sentikiai rėmė tarybinius partizanus, kai kurie 1943–1944 m. priklausė jų Žemaitės brigadai. Dalis aktyvistų sušaudyta dar 1941 m. liepą. Miliūnų miškuose buvo partizanų aerodromas; į jį ginklų, šaudmenų, propagandinės literatūros atskraidindavo kariniai lėktuvai. Miliūnų apylinkėse įvyko partizanų susirėmimų su policija, vienas iš jų – 1943 m. rugpjūčio mėn., naciai ir lietuvių policija turėjo aukų. Kai kurių šaltinių duomenimis, 1943 m. spalio 4 d. naciai sudegino 4 Miliūnų sodybas. Spalio 13 d. rytą iš Kauno atvykęs didelis nacių baudžiamasis dalinys kartu su nacių žandarmerija iš Rokiškio, Panevėžio apygardos saugumo policija kaimą apsupo ir sudegino. Iš viso sudegintos 67 sodybos su visais pastatais; 64 jų priklausė rusams sentikiams, 3 – lietuviams. Žuvo sentikių popas ir dar 3 žmonės. Beveik visas gyventojų turtas buvo sudegintas, nušauti ir gyvi gyvuliai, grūdai išgabenti. Kaimo gyventojai rusai išvežti į Rokiškį, vėliau į Pravieniškių lagerį, darbams į Vokietiją. Daugelis jaunesnių vyrų pabėgo pas partizanus.
Miliūnai – didžiausias Lietuvos kaimas, nacių sudegintas per Antrąjį pasaulinį karą. Kartu su Miliūnais sudeginti lietuvių gyvenami gretimi kaimai Lauciūnai ir Šlapekiai. Miliūnams ir kitiems sudegintiems kaimams įamžinti 1960 m. atidengtas paminklinis akmuo, 1978 m. pastatytas memorialinis ansamblis – ąžuoliniai stogastulpiai.[2]