Bažnytiniai dokumentai byloja, jog koplyčią Micaičiuose 1808 m. pastatė Kuršėnų klebonas Jokūbas Poklevskis Kozėla. Viduje tebuvo vienas altorius su Jėzaus Antakalniečio paveikslu. Koplyčiai tada suteiktas Nukryžiuotojo Jėzaus vardas.[1] Ji buvo Kuršėnų parapijos filija. 1857 m. bažnyčia perstatyta.
1901–1902 m. kunigas Juozas Tumas-Vaižgantas 10 mėnesių buvo Micaičių filialistas. Čia jis buvo atkeltas iš Kulių. Jis bažnyčią atnaujino, remontavo trobesius. Duodavo kaimiečiams skaityti knygų, bet liepdavęs niekam jų nerodyti. Už altoriaus buvo įsirengęs slėptuvę, kurioje laikydavo lietuviškus laikraščius, kitokią draudžiamą spaudą. Tuo laikotarpiu rinko medžiagą apie kalendorių leidėją Lauryną Ivinskį, kuris čia yra daug kartų buvęs (gyvenęs klebonijoje), kunigą Juozapą Želvį.[2] Redagavo leidinius „Tėvynės sargas“ ir „Žinyčia“, rašė straipsnius apie lietuvybės išsaugojimą.[3] Nesužavėjo Juozo Tumo Micaičiai. „Apie menką, skurdžią Micaičių parapiją Tumas atsimena kaipo apie duobę, kur norėta palaidoti jo energiją ir aktingumą. Bet nei ta, nei kitos jam kastos duobės to nepadarė (...)“[4] Vienuolika mėnesių trukęs kunigavimas Micaičiuose J. Tumui-Vaižgantui tapo išbandymu. Lenkomaniškos vietos kunigų bei dvarininkų pažiūros lėmė, kad Vaižganto kunigavimą Micaičiuose lydėjo skundai. Iš parapijos jis išvyko, netekęs teisės viešai kalbėti, rašyti į periodinius leidinius. Buvo apribota ir Vaižganto judėjimo laisvė. Žemaičių vyskupo Mečislovo Leonardo Paliulionio nurodymu buvo perkeltas į Vadaktėlius.[5]
Per Pirmąjį pasaulinį karą suremontuota bažnyčia sudeginta. Jos atstatymu rūpinosi kunigas Butkevičius.[1]
Naikinant parapijas, bažnyčia 1945 m. buvo uždaryta. Iš pradžių kurį laiką stovėjo tuščia, vėliau įrengtas sandėlis laikyti grūdams, įvairiems rakandams. Pastato interjerą puošę paveikslai, liaudies menininkų pjaustiniai ir drožiniai pamažu sunyko. Ilgainiui netinkamu tapo ir sandėlis su prakiurusiu stogu, be langų.
Daugelyje istorijos šaltinių nurodoma, kad Micaičių bažnyčia sovietmečiu buvo uždaryta 1945 m. Pasak kitų šaltinių,[6] Micaičių parapija tebegyvavo ir pokaryje, nes Telšių vyskupijos kurija čia skyrė klebonus dar 1947 ir 1949 m. Micaičių bažnyčios archyvo dokumentai liudija, kad Religinių kultų reikalų tarybos įgaliotinis įregistravo Micaičių religinę bendruomenę 1948 m. gruodžio 26 d. Taigi, buvo bendruomenė, kuri turėjo veikiantį kulto pastatą. 1949 m. rugpjūčio 16 d. Kuršėnų apskrities sovietinės valdžios sprendimu Micaičių bažnyčia buvo perimta ir perduota Kuršėnų grūdų paruošos kontorai. Micaičių bendruomenės, Telšių vyskupijos vėlesnės pastangos atgauti nykstančią bažnyčią rezultatų nedavė.
1989 m. bažnyčia grąžinta tikintiesiems. Rugsėjo 17 d., pažymint Vaižganto 120-ąsias gimimo metines, šv. mišias aukojo ir grąžintą tikintiesiems Nukryžiuotojo Jėzaus bažnyčią pašventino Telšių vyskupas Antanas Vaičius, mišiose giedojo Šiaulių „Polifonijos“ choras. Iškilmių metu atidengta memorialinė lenta Vaižgantui, pašventintos naujai padarytos Marijos ir Jėzaus statulos. Šalia bažnyčios, buvusios klebonijos pastate, įsikūrė parapijos namai.
2008 m. Micaičių bažnyčioje iškilmingai paminėta jos 200 metų sukaktis.
Architektūra
Bažnyčia liaudies architektūros formų, stačiakampio plano, su bokšteliu. Šventoriuje yra kapinės. Ant bažnyčios sienos pakabinta ąžuolinė lenta su išskaptuotu Vaižganto portretu (aut. Leonas Juozonis).[3]
