Šlaitai statūs, 12–30 m aukščio. Išliko dalis aikštelės (5x7 m), manoma, ji buvo daugiau kaip 20 m skersmens, apjuosta pylimu. Išliko 1,5 m aukščio, 15 m pločio pylimo fragmentų. Iki XX a. pirmosios pusės didžiąją dalį piliakalnio nuplovė Stangės upė. Piliakalnį 1971 m. rugpjūčio–rugsėjo mėn. tyrė D. Balčiūnaitė. Ištirtas 12 m² pylimo plotas, išskirti 3 jo raidos laikotarpiai, sietini su Merkinės pilies, kuri minima nuo 1377 m., užėmimais: iš pradžių 1391 m. buvo moliu ir akmenimis tvirtinta medinė siena aikštelės krašte, jai sudegus, likučiai užpilti 2 m storio molio sluoksniu, paviršius 1394 m. suplūktas. Vėliau pylimas paaukštintas – užpilta žvyro ir ant jo 1403 m. pastatyta medinė gynybinė siena. Vėliau pilis vėl atstatyta. Piliakalnis datuojamas XIV a. – XV a. Jame stovėjo viena stipriausių Nemuno gynybinės sistemos lietuvių medinių pilių.
Į šiaurės rytus nuo piliakalnio yra papilys. Jo aikštelė ovalo formos, 150 x 300 m dydžio, be matomų įtvirtinimų. Šlaitai iki 15 m aukščio. 1997 m. ir 1998 m. čia rastas iki 80 cm storio kultūrinis sluoksnis. Radiniai: žiestos keramikos dirbiniai, geležinis noragas.
Pietinėje ir vakarinėje piliakalnio papėdėse yra papėdės gyvenvietė. Ji tirta 1971 m., rastas 2 m storio kultūros sluoksnis. Radiniai: žiestos keramikos dirbiniai, akmeninis sviedinys, XVI a. – XVII a. keramika, kokliai, plytos. 200 m į rytus nuo piliakalnio yra XIV a. pab. – XV a. senkapis.[1] Dar senesnę istoriją mena į vakarus nuo miestelio buvusios Merkinės stovyklavietės.
Merkinės piliakalnis iš šiaurės vakarų pusės
Galerija
Merkinės piliakalnio panorama
Nemuno ir Merkio santaka žvelgiant nuo piliakalnio
