Mergiškių gamtinis rezervatas priklauso Aukštadvario regioniniam parkui, yra įsikūręs pietryčių Lietuvoje, į vakarus nuo Vilniaus, Trakų rajone, Aukštadvario seniūnijoje. Jis išsidėstęs Trakų miškų urėdijos Aukštadvario girininkijos 8, 9, 14, 15 miško kvartaluose. Tai konservacinio prioriteto griežtos apsaugos teritorija – rezervaciniai miškai, kurioje nevykdoma jokia ūkinė veikla. Lankytis leidžiama tik mokslo tiriamaisiais ar pažintiniais tikslais, suderinus su regioninio parko direkcija.