Nuo 2006 iki 2010 m. M. Maldeikis buvo Vilniaus apskrities viršininko administracijos Tarptautinio bendradarbiavimo ir viešųjų ryšių skyriaus vedėjas. Nuo 2010 iki 2020 m. dirbo Lietuvos Respublikos Seimo kanceliarijoje.
2020 m. spalio 25 d. rinkimuose buvo išrinktas į Seimo narius daugiamandatėje apygardoje pagal TS-LKD sąrašą.[2]
Seime politikas yra Biudžeto ir finansų, Europos reikalų bei Ateities komitetų nariu, nuo 2021 m. yra Ateities komiteto pirmininko pavaduotojas.[3]
Politikas aktyviai prisidėjo prie Lietuvos ir Taivano santykių kūrimo, 2020 m. tapo Seimo ryšių su Taivano tarpparlamentinės grupės pirmininku. 2021 m. lapkritį jis vadovavo Lietuvos, Latvijos ir Estijos delegacijoms vizito Taivane metu.[4][5]2022 m. kovo 22 d. M. Maldeikis organizavo Seimo narių susitikimą su Taivano verslo atstovų delegacija.[6]