Vilniaus Lukiškių uostas toje pačioje vietoje veikė nuo XVI a.[5] Krante stovėjo kelios dešimtys sandėlių. Juose saugotos prekės ir laivų įranga – inkarai, virvės, burės. Visi sandėliai buvo mediniai, bet kai kurie turėjo mūrinius rūsius, o vienas kitas buvo ir dviejų aukštų. Sandėliai buvo statomi aptvertuose sklypuose su vartais, ant mūrinių pamatų. Turtingiausi pirkliai turėjo po 5–8 sandėlius, dalis jų Lukiškėse dar stovėjo XIX a. penktajame dešimtmetyje. Sandėliuose saugoti įvairūs kroviniai: statinės su linų sėmenimis, kanapių sėklomis, pluoštu arba aliejumi, javai, odos, lentos, vaškas, apyniai, druska, silkės, geležis.[5]
Nuo 1655 m. rugpjūčio iki 1656 m. vasaros uosto veikla sustabdyta dėl miesto okupacijos.[2]
1660 m. vasarą uostas nukentėjo, nes besitraukiantys maskvėnai jį sudegino, sunaikinti sandėliai ir daugelis laivų.[2]
Populiarūs buvo krovininiai laivai vytinės. Be to, Neryje plaukiojo strugai (minimi rašytiniuose šaltiniuose 1832 m.), barkos ir pusbarkės, prūsiški botai, laibomis vadintos valtys ir berlinkos.[2] Atplaukiančių vytinių įgulose galėjo būti iki 18 žmonių. Komandos laivuose dažniausiai būdavo duodamos lenkiškai.[2]
Navigacija
Laivybos sezonas įprastai tęsdavosi nuo kovo iki lapkričio mėnesio.
1734 m. Neris prie Vilniaus užšalo tik apie sausio 23 d., todėl laivyba vyko ir žiemos metu.
1756 m. gruodžio 20 d. rašytiniuose šaltiniuose minima jog upės vagą ledas sukaustė kone akimirksniu, dėl to nukentėjo vynai ir kitos šalčiui neatsparios prekės.[2]
1828–1845 m. patvinusios Neries plotis siekdavo iki 1,6 km, o vandens lygis pakildavo daugiau kaip 6 metrais.
1871 m. išleistoje Konstantino Tiškevičiaus knygoje „Neris ir jos krantai“ nurodytos net 39 rėvos, dvylika jų laikytos ypač klastingomis. Laivams tekdavo saugotis ir didelių akmenų – jų (arba jų sankaupų) knygoje suskaičiuota 48.