Iki 1921 m. Kazlų Rūda priklausė Višakio Rūdos šv. vyskupo Stanislovo parapijai. 1922 m. Seinų vyskupija įsteigė Kazlų Rūdos parapiją. Vikaro Jono Krokininko rūpinimusi įsteigta bažnyčia su nuolatiniu kunigu. 1922 m. balandžio 22 d. paskirtas pirmasis klebonas Kazys Bičkauskas. Jis iš geležinkelių administracijos gautoje buvusioje geležinkelininkų mokykloje 1922 m. įrengė laikiną bažnyčią. Jai paskirtas 6 ha sklypas. Tas pats klebonas aptvėrė ir naująsias kapines. K. Bičkauskui išvykus į Ameriką, nauju klebonu paskirtas kun. Pranciškus Adomaitis, vėliau jį pakeitė kun. Pr. Balsevičius.
Geležinkelių valdybai pareikalavus grąžinti mūrinį pastatą, naudotą bažnyčios reikmėms, iš Krašto apsaugos ministerijos bažnyčios statyboms buvo nupirkti trys buvę mediniai karo belaisvių barakai. 1923 m. parapijai perduota buvusi Alytaus Saratovo kareivinių cerkvė. Iš jos rąstų 1924–1925 m. suręsta bažnyčia. Projektavo inž. Stasys Kimonas.
1925 m. lapkričio 8 d. naujojoje bažnyčioje atlaikytos pirmosios pamaldos. Iš Rusijos gražintų varpų fondo Kazlų Rūdai buvo skirti du varpai. Vietinis kalvis Jurgis Martinaitis (1879–1955) nukalė bažnyčios bokštų kryžius, apie 1930 m. padarė metalines groteles prie bažnyčios altoriaus, kitus metalo dirbinius.[1]
Bažnyčia dvibokštė, unikali fachverkinės (sandalinės) konstrukcijos bokštais. Įstrižieji sandalų spyriai tarp vertikalių statinių sudaro žaismingą raštą. Bokštų šlaitai piramidiniai, paįvairinti stoglangiais ir šešiakampiais būgnais, ant kurių iškyla geležiniai kryžiai. Priekiniame fasade virš įėjimo durų į priekį ištrauktas frontonas. Jame įrengtas didelis arkinis langas, dienos metu gerai apšviečiantis vargonų chorą.
Bažnyčia sudėtingo plano: pagrindinė dalis stačiakampė, ties presbiterija yra šoninių koplyčių priestatai, prie susiaurintos apsidės priglausta žema zakristija. Šventorius aptvertas metalinių vertikalių strypų tvora.
