Kalnujuose iki 1801 m. pastatyta medinė koplyčia. 1815–1818 m. kaimo šiauriniame pakraštyje pastatyta akmenų mūro bažnyčia. Ji buvo Raseinių parapijos filija. 1841 m. jai priklausė 1 valakas žemės, filialistui Kazimierui Baracevičiui mokėta 81 rublių per metus. 1938 m. Kalnujų filijai priklausė 2 691 katalikas.
Vykstant Antrajam pasauliniam karui, 1944 m. rugpjūčio mėn. per įnirtingas kautynes bažnyčia sugriauta. Bažnyčioje buvo įsitvirtinę vokiečiai, kuriuos apšaudė Raudonosios Armijos pabūklai. 1946 m. įrengta mediniame gyvenamajame name su priebučiu. Ant kraigo iškeltas kryžius. Bažnyčia naujai sutvarkyta 2007–2008 m.
2018 m. rugpjūčio 12 d. iškilmingai paminėta bažnyčios 200 metų sukaktis.
Architektūra
Bažnyčia vienanavė, turi vieną altorių. Prie jo pakabintas varpelis, rastas senosios bažnyčios griuvėsiuose. Įrengtas balkonas su baliustrų tvorele. Ant abiejų stogo kraigų įtaisyti ornamentiniai kryžiai. Šventorius atviras, su mediniu drožinėtu kryžiumi ir varpine, maldininkų patogumui pastatyti suolai. Varpinė medinė, stačiakampio plano, su pakeltu bokšteliu varpui.
Senosios bažnyčios griuvėsių konservavimas
Senosios akmeninės bažnyčios griuvėsiai 2010 m. buvo tvirtinami, atliekami fragmentų konservavimo darbai. Buvusi bažnyčia tapo pritaikyta saugiam lankymui – įrengtas vaizdingas apšvietimas naktį, papėdėje pastatyta informacinė lenta su žymių žmonių laidojimo vietų nuorodomis, atnaujinti laiptai.
Dar prieš 1994 m. buvo gvildenamas bažnyčios griuvėsių konservavimo projekto būtinumas, nes žmonėms, lankantiems kapines, vaikščioti šalia aukštų bažnyčios griuvėsių buvo nesaugu. Patys gyventojai šalino menkaverčius medžius ir kitas ataugas iš avarinio objekto vidaus, nes jų šaknys ardė pamatus bei sienų liekanas, avarinės būklės atrodė ir tvora. Konservavimo projekte buvo numatyta bažnyčios griuvėsių dalį konservuoti ir dalį jų nugriauti. Buvo tvirtinamas griuvėsių mūras, užtaisant siūles tarp plytų, sustiprinama sienų apačia ir kitos dalys. Priekinio fasado sienos nedidelis viršutinis fragmentas, durų anga buvo atstatyti. Mūro sienos uždengtos stogeliais. Rasta Antrojo pasaulinio karo ginklų, karių palaikų, bažnytinės taikomosios dailės fragmentų (sietynų, pastatomų žvakidžių ir kt.). Šie daiktai buvo fotografuojami, aprašomi, matuojami. Išvalytoje pastato vidaus erdvėje buvo numatyta įrengti stendus ir eksponuoti radinius, svarstoma, kur eksponuoti ten pat rastą varpą. Žingeidiems piliečiams sudaryta galimybė radinius pamatyti seniūnijoje (išskyrus ginklus, kurie nukeliavo į policiją).
Galerija
Užkonservuoti Kalnujų bažnyčios griuvėsiai, 2012 m.