Antrojo pasaulinio karo metu kanauninkas padėjo ir iš Hitlerio užimtos Klaipėdos plūstantiems pabėgėliams, ir nuo vokiečių besitraukiantiems rusų kareiviams, ir persekiojamiems žydams bei tarybiniams aktyvistams, partizanams, persekiojamiems kunigams. Po kaltinimų, grasinimų, tardymų J. Juodaitis 1945 m. rugpjūčio 26 d. buvo įformintas NKGB agentu ir jam suteiktas Telšiškio slapyvardis, tačiau saugumiečiams iš kanauninko pranešimų nebuvo jokios naudos. Per penkerius metus nuo užverbavimo jis parašė 8 visiškai neturinčius jokios operatyvinės reikšmės pranešimus.
1946 m. komunistinei valdžiai suėmus vyskupą Pranciškų Ramanauską, kanauninkas J. Juodaitis buvo Telšių vyskupijos valdytojas. 1946–1961 m. sovietinė valdžia trukdė normaliam Telšių vyskupijos darbui, todėl vyskupija valdyta kapitulinio vikaro teisėmis. Pirmuoju vyskupijos valdytoju tokiomis sąlygomis dirbo J. Juodaitis. Dvasininką suėmė 1949 m. gruodžio 20 d., išvežė į Vilnių, o čia suimtąjį tardė KGB papulkininkis Čelnokovas. 1950 m. rugsėjo 6 d. KGB Ypatingasis pasitarimas paskyrė J. Juodaičiui 25 metų bausmę. Kanauninką išvežė į Mordovijos Dubravlagą. 1957 m. dvasininkas grįžo į Lietuvą.
Vyskupui Petrui Maželiui1965 m. atnaujinus vyskupijos Katedros kapitulą, J. Juodaitis pakeltas Kapitulos prelatu. Mirė dvasininkas Kražių altarijoje 1969 m. vasario 3 d. Palaidotas Kražių bažnyčios rūsyje.[2]