Dabartinė bažnyčia įrengta 1946 m. Ji stovi rytiniame Juodupės tvenkinio krante. Senoji 1938–1944 m. stovėjo netoliese, dabartinių kapinių kalnelyje.
Istorija
Juodupės parapija kūrėsi po Pirmojo pasaulinio karo. Tuomet Juodupėje veikė vilnų verpykla su karšykla, buvo įtaisytos ir audimo staklės. Atsirado poreikis įsteigti atskirą parapiją. Ji buvo formuojama iš Onuškio ir Rokiškio parapijų dalių. Nors 1923 m. tai padaryti pavesta kun. Pranciškui Vainauskui, tačiau dėl žemės įsigijimo problemų jam nepavyko tai padaryti.
Su ta pačia žemės nuosavybės problema 1926 m. susidūrė ir vyskupas Kazimieras Paltarokas, ėmęsis žygių parapijai įsteigti. 1934 m. Rokiškio vikaras kun. Jonas Bubas (1901–1969) su parapijiečių pagalba iš Žemės reformos departamento išsireikalavo žemės ir pastatė 18 m x 6 m ploto medinę koplyčią. Ją 1936 m. rugsėjo 20 d. pašventino Aušros vartų Dievo Motinos garbei. Jos rektoriumi paskirtas kunigas J. Bubas.
1937 m. rugpjūčio 10 d. Juodupės parapiją oficialiai įsteigė Panevėžio vyskupas K. Paltarokas. Parapijai priklausė 382 šeimos.
Kun. J. Baubo rūpesčiu 1938 m. pagal Rokiškio apskrities inžinieriaus Petro Lėlio projektą pastatyta medinė vienabokštė bažnyčia. Buvo pasirinktas pigesnis, medinės bažnyčios variantas, nes reikėjo pastatyti ne tik bažnyčią, bet ir klebonijos trobesius. Naujoji bažnyčia suręsta ant aukšto kalnelio, dabartinių kapinių teritorijoje. Ši bažnyčia buvo trijų navų ir turėjo išmatavimus 24 m x 13 m x 7,5 m bei 30 m aukščio bokštą. 1938 m. spalio 16 d. Rokiškio dekanas kan. Jurgis Žitkevičius (1892–1978) bažnyčią pašventino.
Pastačius bažnyčią aplinkui buvo pradėta statyti ir kitus pastatus. 1939 m. iškilo Šaulių namai. 1940 m. pastatyta dviejų aukštų mūrinė pradžios mokykla.
1944 m. prie Juodupės per karo mūšius sudegė Šaulių namai, paštas, fabrikas, nemažai privačių namų, liko stoveti tik bažnyčia. Liepos 30 d. nutilus patrankoms, naktį vokiečiams traukiantis, užsiliepsnojo ir iki pamatų, su visais liturginiais reikmenimis, sudegė vos šešerius metus stovėjusi Juodupės bažnyčia.
Sovietų valdžia neleido atstatyti bažnyčios ant likusių pirmosios bažnyčios pamatų, todėl 1946 m. buvo įrengta laikina bažnyčia klebonijos daržinėje.[1] Joje ir šiandien meldžiasi juodupiečiai.
Pirmoji Juodupės bažnyčia buvo medinė, kryžminio plano, 3 navų, renesansinio stiliaus. Turėjo 30 m aukščio bokštą.
Altorius statė A. Leviška iš Šiaulių. Didysis altorius buvo dviejų kondignacijų. Jį puošė paveikslas „Prie Aušros Vartų Dievo Motinos altoriaus besimeldžiantis šv. Kazimieras“, viršuje – šv. kankinės Julijos paveikslas. Paveikslų autorius dailininkas Vytautas Palaima (1911–1976). Viename šoninų altorių buvo baroko stiliaus Nukryžiuotasis, atvežtas kartu su tabernakuliu iš Kavarsko klebono Petro Legecko namų koplyčios Pienionių dvare (dab. Anykščių raj.). Antrame šoniniame altoriuje buvo to paties V. Palaimos tapytas šv. Antano paveikslas.
Dabartinės bažnyčios pastatas medinis, įrengtas pokaryje pritaikius senosios klebonijos ūkinį pastatą (daržinę). Dabar pastate yra paklotos parketinės grindys, išpuoštos lubos, sienos apkaltos dailylentėmis, jas puošia vitražiniai langai. Šventoriaus kampe pastatyta lengvų konstrukcijų stulpinė varpinė.