Yukio tapo partijos bei opozicijos pirmininku nuo 1999 iki 2002 m., kai atsistatydino prisiėmęs atsakomybę už įsivyravusią netvarką partijoje po gandų pasklidimo, kad partija žada jungtis su Ičiro Odzavos tuometine liberalų partija. Yukio buvo DPJ generaliniu sekretoriumi[3], pakeisdamas Odzavą po jo atsistatydinimo iš pirmininko pareigų 2009 m. gegužės 11 d. Hatojama vėl buvo išrinktas partijos pirmininku tų pačių metų gegužės 16 d., surinkęs 124 balsus iš 219, ir įveikęs priešininką Kacują Okadą.[4]
Tapęs ministru pirmininku Hatojama išvedė pajėgas iš Afganistano, o nenorėdamas supykdyti Vašingtono pasiūlė 5 milijardus JAV dolerių rekonstrukcijai ir pagalbai Afganistane.[5] Taip pat su JAV vyko derybos dėl bazių Okinavoje. Siekta plėsti bendradarbiavimą su Pietų Korėja, pagerėjo gana įtempti santykiai su Kinija.