Teismo pirmtakas – Lietuvos TSR Jonavos rajono liaudies teismas.
Sovietų okupacijos metais Jonavoje taip pat veikė Teismo antstolių kontora prie Jonavos rajono apylinkės teismo (vyresnioji teismo antstolė – Valė Greskienė). Iš viso dirbo 3 antstoliai. Kontora nustojo veikti 2003 m. sausio 1 d.[3]
Vadovybė
Teismo pirmininkė (nuo 1999 m. rugsėjo mėn. 16 d.) – Jolanta Damulienė (g. 1965 m.). Pirmtakas – Algimantas Valantinas (g. 1961 m.), buvęs LR generalinis prokuroras (2005–2010), Vilniaus miesto 2-sios apylinkės teismo teisėjas (nuo 2010 m.), buvęs šio teismo pirmininkas (2000–2005).
Teisėjai
Kiti Teismo teisėjai – Jūratė Bučmienė, Žibutė Budžienė, Lidija Deksnienė, Vidmantas Paurys, Banga Puodžiuvienė, Romaldas Šuliokas ir Larisa Tamulionienė[4].