Jos plotas – 378 000 km², gyventojų skaičius – apie 127 mln.
Šiauriausias taškas – Etorofu, Hokaido pref.
Piečiausias taškas – Okinotorišima, Tokijo pref.
Ryčiausias taškas – Minamitorišima, Tokijo pref.
Vakariausias taškas – Jonagunidžima, Okinavos pref.
Šalį sudaro daugiau nei 6 800 salų, iš kurių tik apie 340 yra didesnės nei 1 km². Pagrindinės salos: Honšiū (230 448 km²), Hokaidas (78 073 km²), Kiūšiū (36 554 km²), Šikoku (18 825 km²), jos sudaro 99,37 % šalies teritorijos. Tai ketvirta pagal dydį po Indonezijos, Madagaskaro ir Papua-Naujosios Gvinėjos salose esanti valstybė.
Apie 70–80 % visos Japonijos teritorijos užima miškingi, kalnuoti[1][2], žemdirbystei ar pramonei netinkami plotai. Tai lėmė neįprastai didelį gyventojų tankį urbanizuotose vietovėse, daugiausia įsikūrusiose prie krantų. Japonija yra viena tankiausiai apgyvendintų šalių.[3]
Japonijos salynas įsikūręs labai tektoniškai aktyvioje zonoje, vadinamoje Ugnies žiedu, kur susiduria 3 tektoninės platformos. Dėl to Japoniją dažnai krečia nestiprūs požeminiai smūgiai, nereti čia ir ugnikalnių išsiveržimai. Destruktyvūs žemės drebėjimai, dažnai sukeliantys cunamius ištinka Japoniją keliskart metuose.[4] Pastarieji stipriausi drebėjimai šalį ištiko 1995, 2004 ir 2011 m. Šalyje gausu karštųjų versmių (onsen), kurios išnaudojamos turizme kaip pramoga.[5]
Didžiajai daliai Japonijos teritorijos būdingas vidutinių platumų klimatas, kuris, dėl Japonijos didelio ištęstumo iš šiaurės į pietus, įvairiose Japonijos dalyse žymiai skiriasi. Pagal Japonijos geografinius bruožus galima išskirti 6 pagrindines klimato zonas:
Hokaido. Šiauriausiajai Japonijos sričiai būdingos ilgos, šaltos žiemos ir trumpos pakankamai vėsios vasaros. Dideliu kritulių kiekiu teritorija nepasižymi, tačiau žiemą čia dažnai pasitaiko sniego klodų.
Japonijos jūros. Vakariniame Honšiū krante šiaurės vakarų vėjas žiemos metu atneša daug sniego. Vasaros čia kiek vėsesnės nei Ramiojo vandenyno zonoje, tačiau neįprastų karščių pasitaiko dažnai dėl vyraujančio vėjo feno.
Ramiojo vandenyno. Rytų krantui būdingos šaltokos žiemos su nedaug sniego ir drėgnos bei karštos vasaros dėl pietrytinio sezoninio vėjo.
Riūkiū salų. Riūkiū saloms būdingas subtropinis klimatas – karštos vasaros, šiltos žiemos, labai daug kritulių, ypač lietingojo sezono metu. Čia dažnai kyla taifūnų.
Lietingasis sezonas prasideda gegužės pradžioje Okinavoje. Didžiojoje Honšiū dalyje jis prasideda prieš birželio vidurį ir tęsiasi apie 6 savaites. Vasaros pabaigoje ir rudens pradžioje kylantis uraganai neretai atneša liūtis. Šiaurinėje Hokaido saloje lietingasis sezonas prasideda tik liepos gale.