Nuo 1635 m. šiose žemėse gyvavo Džiungarijos chanatas. Džiungarai nuolatos kovojo su savo kaimynais, virė kovos su kazachais, kinais, mongolais, kirgizais ir kitais kaimynais. 1755 m. Kinija surengė žygį į Džiungariją ir po aršių mūšių ją užėmė. Patį Džiungarų chanatą sunaikino. Vietiniai gyventojai buvo nepatenkinti svetimųjų valdžia ir nuolat bruzdėdavo. Galiausiai 1864 m. prasidėjo uigūrų ir dunganų sukilimas prieš Čingų imperiją.
Sultonato įkūrimas
1864 metais sukilėliai valdė Kuldžos miestą ir apylinkes. Dunganai ir uigūrai apjungė pajėgas, išlaikydami kiekvienos bendruomenės savarankiškumą. Dunganams vadovavo Adži-achunas, o uigūrų vadu tapo buvęs chakimas (gubernatorius) Mazamzat-bekas. Būtent jis buvo paskelbtas sultonu. Kovotojai užiminėjo tvirtoves ir išstūmė kinus iš savo krašto. 1866 m. kovo mėnesį sukilėlių rankose buvo Naujosios Kuldžos tvirtovė, Bajandajaus, Sujduno ir Kuros gyvenvietės.
1866 m. vasarą Ilio kraštą užvaldė sukilėliai. Tačiau tuo metu prasidėjo nesutarimai tarp uigūrų ir dunganų. 1867 m. netoli Senosios Kuldžos įvyko susirėmimai tarp buvusių sąjungininkų. Dunganai patyrė pralaimėjimą, o jų vadas Adži-achunas žuvo mūšyje. Uigūrai ir jų vadas Alachanas šventė pergalę. Dunganai išsirinko naują vadą. Juo tapo Chivas, kuris iš Urumčio gavo pastiprinimą ir dunganai vėl stojo į mūšį. Tačiau ir mūšyje prie Bajandajaus buvo nugalėti uigūrų vadų Alachano ir Sadyr Palvano. Galutinai nugalėję dunganus, Alachano bendražygiai nuvertė nuo sosto Mula Šavkat-achuną, kuris į sultono sostą sėdo po serijos perversmų ir sąmokslų. Vyresniųjų taryboje Alichanas buvo išrinktas Ilio sultonu ir tapo pilnateisiu valdovu.
Karas su Rusijos imperija
Tuo metu Rusijos imperija plėtė savo teritorijas ir kariavo su Kokando chanatu. Kai rusai nugalėjo kokandiečius, jų žvilgsniai nukrypo į Ilio slėnį. Oficialia priežastimi tapo iliečių atsisakymas išduoti į Kuldžą atklydusius klajoklius.
1871 m. vasarą rusų kariauna įsiveržė į sultonato teritoriją ir negausūs, prastai ginkluoti iliečiai patyrė pralaimėjimą. O galiausiai, visa sultonato teritorija, kurioje gyveno 200 tūkstančių gyventojų, atsidūrė Rusijos imperijos valdžioje.
Nepriklausomybės praradimas
Ilio kraštas
1871 m. Rusijos diplomatai davė suprasti Kinijai, kad šis teritorijos užėmimas bus laikinas.
1879 m. rusai ir kinai susitarė, kad bus išvesta rusų kariuomenė, o Ilio provincija bus atiduota Kinijai.
1881 m. pagal susitarimą Ilio kraštas perleistas Kinijai. Kinai atkūrė krašte savo tvarką, o sultonatas buvo likviduotas.
