Klubas įkurtas 2007 m. pabaigoje, nuo 2008 m. dalyvavo mažojo futbolo varžybose. 2011 m. debiutavo III lygos Šiaulių zonoje. 2013 metais „Frilux-Bėgiai“ yra tapę III lygos nugalėtojais. Nuolatiniai salės ir kitų pirmenybių dalyviai, bei prizininkai. Rungtynės, su varžovų vadinamais „Bėgiais“, visada sulaukdavo intrigos ir būdavo įdomios tiek patiems rungtyniaujanties tiek ir atvykusiems žiūrovams. Medelyno „Frilux-Bėgiai“ 2016 m. rugsėjį pranešė, kad traukiasi iš ŠAFF organizuojamų LFF III lygos pirmenybių dėl komandos narių skaičiaus trūkumo.
Žaidė Šiaulių apskrities futsal pirmenybėse 2022–2023 m. sezone.