Pirmoji komanda Alytuje, kuri buvo žinoma „Dainavos“ pavadinimu, veikė prie Alytaus šaulių sąjungos. LŠS Alytaus skyrius buvo subūręs komandą, kuri dalyvavo Alytaus, bei Alytaus–Marijampolės pirmenybėse.
Komanda nuo 1935 m. buvo žinoma „Dainavos“ pavadinimu. Tuo metu žaidė pirmos pakopos pirmenybėse. Dideliais pasiekimais pasigirti negali.
Po sovietų invazijos (1944 m.) LŠS nutraukė savo veiklą.
Sovietmetis: veikla iki 1990 m.
Vėlesniais laikotarpiais radosi eilė komandų tuo pačiu Alytaus „Dainavos“ pavadinimu. 1975 m. ekipa tokiu pavadinimu tapo Sovietų Lietuvos čempionais.
1990 – 2003 m.
„Snaigės“ emblema
Iki 1990 m. „Dainava“ vadinosi klubas, vėliau tapęs dukterine klubo komanda Dainava-2 Alytus, ir sovietmečiu tai buvo stipriausia miesto komanda. Tuo tarpu „Snaigė“, įsikūrusi XX a. pabaigoje, po Nepriklausomybės atgavimo pranoko sovietmečio „Dainavą“.1993m. Alytuje buvo sukurta komanda "Nemunas" ji žaidė Lietuvos tais laikais antroje lygoje. Kitais metais "Nemunas" buvo pavadintas "Daisotra" pagal generalinio rėmėjo pavadinimą. AB Daisotrai tuo metu vadovavo Juozas Cicėnas. Šaldytuvų gamyklai atsisakius finansuoti "Snaigės" komandą, Juozas Cicėnas gelbėdamas komandą ją pradėjo finansuoti. "Snaigė", kuri žaidė pirmoje lygoje tapo " Daisotra", o tikra "Daisotra" žaidusi antroje lygoje, tapo "Daisotra-2".
2010 m. pabaigoje buvo pradėtos derybos tarp Alyčio ir Vidzgirio klubų dėl galimo susijungimo ir bendro klubo įsteigimo, kuris dalyvautų A lyga čempionate. 2011 m. suburta nauja ekipa, kuri subūrė stipriausius to meto Alytaus miesto žaidėjus iš Alytis Alytus ir Vidzgiris Alytus. Naujoji komanda gavo teisę žaisti aukščiausiojoje lygoje. Be to, buvo susitarta dėl „Dainavos“ pavadinimo naudojimo su brendo savininku.
2011, 2012, 2013, 2014 m. praleisti A lyga pirmenybėse, bet paskutinius gyvavimo metus klubą lydėjo skandalai dėl finansinių įsipareigojimų nevykdymo bei galimo dalyvavimo sutartose rungtynėse. Po 2014 m. sezono komanda išformuota, paskelbta apie klubo likvidavimą.
„Dainava“ vėl atkurta buvo 2016 m. pradžioje. Susijungė FM „Auska“ bei ištikimiausi „Dainavos“ gerbėjai – „Dzūkų tankai“ – ir įkūrė bendrą projektą, kurį pavadino Dzūkijos futbolo klubu „Dainava“.
2016 m. pradžioje buvo leista „Auskai“ persivadinti į DFK „Dainavą“. Klubas gavo LFF I lygos licenciją.
Pastaba: neįskaitomi 1924–1930, 1935, 1942–1943, 1945 m. sezonai, kai nebuvo vientisos lygos, taip pat 1939–1940, 1941, 1943–1944 m. nebaigtos pirmenybės.
