Miestelis pradėjo kurtis XX a. pradžioje vystant vilnos pramonę. Oficialiai įkurta 1927 m. Pavadinimas kilo nuo Berberis buxifolia krūmo, vadinamo kalafate. 1946 m. El Kalafatėje įkurta Los Glaciares parko administracija. Tuo metu gyvenvietėje gyveno apie 100 gyventojų. Pradėjus vystytis turizmui regione, El Kalafatė išaugo.
El Kalafatėje yra turizmo aptarnavimo infrastruktūra: viešbučiai, restoranai, parduotuvės. Iš čia organizuojamos kelionės po Los Glaciares nacionalinį parką.