Sanatorija įkurta 1972 m.,[1]1986 m. įrengti nauji „Žilvino“ ir administracinio pastato korpusai. 1993 m. atlikta mineralinio vandens biuvetės rekonstrukcija. 1995 m. valstybinė sanatorija reorganizuota į AB „Eglės sanatoriją“. Nuo 2003 m. ne kartą renovuota ir rekonstruota. 2013 m. atidarytas Birštono filialas[2] (tarybiniais laikais veikusios sanatorijos „Spalis“ vietoje).[3]2017 m. Birštone atidarytas naujas „Eglės“ sanatorijos korpusas su reabilitacijos centru.[4]
2023 m. 100 proc. „Eglės sanatorijos“ akcijų įsigijo privataus kapitalo investicijų fondas „INVL Baltic Sea Growth Fund“.[5]