Pirmoji bažnyčia pastatyta 1506 m. Jai 1539 m. iš Ariogalos tijūnijos dovanota 19 valakų žemės, paskirtas klebonas (jis minimas ir 1567 m.). 1613 m. bažnyčia buvo Ariogalos parapijos filija. 1636 m. vėl minima Butkiškės parapija. Bažnyčiai 1820 m. priklausė Butkiškės ir Skubų kaimai. 1853 m. minima parapinė mokykla. Vikaras Aleksandras Balčiauskas išėjo į sukilimą, vėliau pasitraukė į Mažąją Lietuvą. Klebono Pr. Bikino rūpesčiu bažnyčia 1938–1939 m. kapitaliai suremontuota.
Architektūra
Bažnyčia liaudies architektūros formų, stačiakampio plano, bebokštė. Šventoriuje stovi 2 tarpsnių medinė varpinė. Jo tvora akmenų mūro.
Parapija
Pagal Kauno arkivyskupo metropolito Sigito Tamkevičiaus 2003 m. balandžio 3 d. dekretą Nr. 220, parapijai priskirtos gyvenvietės:[1]