Betygaloje1416 m. pastatyta medinė bažnyčia. Mita Višginaitė 1504 m. įkūrė altariją ir ją aprūpino. Klebonijai 1505 m. dovanotas Betygalos miestelis. Žygimantas Senasis1516 m. leido klebonui pastatyti 5 smukles ir iš jų imti pelną. 1524 m. įsteigta kita altarija. Apie 1567 m. bažnyčia buvo apleista, be kunigo. 1579 m. minima parapinė mokykla. Klebonijos valdos 1639 m. perduotos naujai įsteigtai dekanų prelatijai.
1915 m. sudegus bažnyčiai, ji įrengta buvusiame mūriniame skolinamosios taupomosios kasos pastate. Klebono Pr. Janulaičio rūpesčiu 1925–1930 m. pagal architekto Vladimiro Dubeneckio projektą pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. Ją 1932 m. konsekravo arkivyskupas Juozapas Skvireckas.