Įkūrus Vilniaus universiteto Botanikos sodą Pilies gatvės 22-ojo namo kieme, universiteto profesorius, gamtininkas Georgas Forsteris rekomendavo universiteto rektoriui Martynui Počobutui įsigyti sklypą Sereikiškėse. Edukacinė komisija sklypą ir šalia stovėjusius keletą namų nupirko ir 1799 m. profesorius Stanislovas Bonifacas Jundzilas pradėjo sodo kūrimą. Buvo suplanuotas peizažinio tipo Botanikos sodas. Buvo iškasti tvenkiniai, kanalai, pastatyta pavėsinių, įrengti tilteliai. Nupirktuose namuose įrengta butų universiteto profesoriams. Pastatus rekonstravo architektas Mykolas Angelas Šulcas.[1][2]
1800 m. pavasarį imta perkelti augalus iš Pilies gatvės į naują sodą. Botanikos sodas buvo išplėstas už Vilnios iki Bekešo ir Trijų Kryžių kalnų papėdžių.[1]
Po 1863 m. sukilimoRusijos caras uždarė Bernardinų vienuolyną. Bernardinų sodas, kaip ir greta buvęs Vilniaus universiteto botanikos sodas, tapo apleistas. Miesto savivaldybė čia nuomojo sklypus miestiečiams, o jie sodino daržoves. 1869 m. buvo sunaikinta vakarinė Bernardinų sodo dalis, kuri supo Bernardinų bažnyčios ir vienuolyno ansamblį. Per ją nutiesta dabartinė Maironio gatvė.[1][2]
1880 m. Vilniaus savivaldybės taryba nutarė Sereikiškėse įsteigti viešąjį miesto parką, kuris apimtų ir buvusį Bernardinų vienuolyno sodą. Ši užduotis buvo patikėta vilniečiui menininkui, Peterburgo dailės akademijosAleksanderiui Strausui. 1888 m. parkas buvo atidarytas lankyti viešai.[1][2]
Po Antrojo pasaulinio karo, sovietmečiu, Sereikiškių viešasis parkas buvo pavadintas Jaunimo sodu, jame pastatyta estrada, Aleksandro Puškino paminklas, įrengta šokių aikštelė, karuselė, atrakcionų, žaidimų aikštelių vaikams. Lietuvai atkūrus nepriklausomybę, iš Sereikiškių parko visi atrakcionai, estrada, šokių aikštelė buvo iškelti, parkui buvo sugrąžintas istorinis jo vardas.
Dabartis
2012–2013 m. parkas atkurtas pagal XIX a. pab. bruožus – atvirų ir uždarų erdvių sistemą su saulėtomis pievomis, menininko Alexanderio Strausso kurtą centrinę aikštę, rožyną bei XX a. alpinariumą su tvenkiniu, parko pagrindiniame rožyne įrengtas grojantį ir šviečiantį fontaną, botanikos sodo augalų asortimentą papildė baseinėlyje įrengta vandens augalų ekspozicija, esamas alpinariumas atnaujintas. Jame įkomponuotos akmenų grupės, papildytos augalų kompozicijos.
Bernardinų sode atsirado fontanai-gertuvės, taip pat laikrodis. Iš viso parko rekonstrukcija kainavo apie 18 mln. litų. Maždaug pusė šiam projektui įgyvendinti reikalingų lėšų skirta iš Europos Sąjungos fondų. Parkui buvo sugrąžintas originalus Bernardinų sodo pavadinimas.
Tiesiant inžinerines sistemas buvo rastas XVII a. Vilniaus kvartalas, nors anksčiau manyta, kad čia vilniečiai jau negyveno.[3]