Tiksli vienuolyno įkūrimo data nežinoma. Pagal vieną iš versijų jį įkūręs Bizantijos imperatorius Heraklijus arba imperatorius Arkadijus (V a.). Tačiau greičiausiai vienuolyno vardas kilęs ne nuo imperatoriaus, o nuo jį įkūrusio vienuolio. Rastas XIV a. užrašas, žymintis, kad vienuolynas pašvęstas Šv. Konstantinui. XVI a. vienuolynas restauruotas ir išplėstas Retimno didikų Hortacių. XVII a. Arkadijaus vienuolynas buvo svarbus religinis centras, vykdyta intensyvi rankraščių perraša. 1648 m. vienuolyną užėmė osmanai, tačiau vienuoliams leista gyventi ir skambinti varpą. Osmanų laikais tai buvo labiausiai klestintis Kretos vienuolynas, čia gyveno ~100 vienuolių, dar 200 – apylinkėse. Jie gamino vyną, spaudė alyvų aliejų. Vėliau vienuolynas nuskurdo, 1822 m. buvo nuniokotas turkų. 1866 m. vienuolyne vyko nuožmios kovos tarp turkų ir graikų. Osmanai nužudė čia besislėpusias moteris ir vaikus.
Vienuolynas kvadratinio plano, užima 5200 m² teritoriją. Vienuolyną supa siena, kitoje jos pusėje įrengtos vienuolių celės, buitinės patalpos, vyno, aliejaus rūsiai ir kt. Komplekso centre, vidiniame kieme yra dviejų navų Kristaus Persikūnijimo bažnyčia. Pastatyta 1587 m., renesansinio stiliaus, būdingo tuo metu salą valdžiusiems venecijiečiams. Viduje yra 1902 m. ikonostasas.
