1939 m. spalio mėn. paskirtas Vermachto Vyriausiosios karinės vadovybės operatyvinio štabo viršininku ir tapo vienu svarbiausiu Hitlerio kariniu patarėju operatyviniais-strateginiais klausimais. Dalyvavo rengiant daugelį stambių karinių operacijų, tarp jų „Veis“ (Lenkijos užpuolimas), „Vezerbung“ (įsiveržimas į Norvegiją).
A.Jodlis Reimse pasirašo Vokietijos kapituliacijos aktą
Po Vokietijos kapituliacijos 1945 m. gegužės 23 d. suimtas ir perduotas Niurnbergo tribunolui. Proceso metu aktyviai ir argumentuotai gynėsi, sakydamas, kad jis vykdė savo priesaiką ir kad kariškis negali atsakyti už politikų sprendimus.[1]
Tribunolas nuteisė A. Jodlį mirties bausme, 1946 m. spalio 16 d. rytą jis pakartas, vėliau kremuotas, o pelenai – išbarstyti.
Nesutarimai su Hitleriu
A. Jodlis būdamas lojalus Hitleriui, laikėsi savarankiškos pozicijos, neretai jam prieštaraudamas. Vykdant karinę operaciją prieš Norvegiją, atsisakė vykdyti Hitlerio įsakymą atitraukti generolo E. Ditlio diviziją nuo Narviko, taip pat nesutikdamas sušaudyti į nelaisvę pakliuvusius priešo parašiutininkus. 1942 m. rugpjūčio mėn. konfliktavo su fiureriu, palaikydamas generolą F.Halderį, vėliau – užtardamas Kaukaze kariavusį generolą feldmaršaląV. Listą. Dėl to Hitleris numatė, kad A. Jodlį pakeis generolas F.Paulius, tačiau pastarojo kapituliacija prie Stalingrado šiems planams sutrukdė.
A.Jodlis po egzekucijos
Reabilitacija
Antroji A. Jodlio žmona Luiza von Benda 1953 m. vasario mėn. išsireikalavo, kad Miuncheno teisme būtų pakartotinai išnagrinėta jo byla. Teismo sprendimu A. Jodlis visiškai išteisintas. Tų pačių metų spalio mėn. dėl visuomenės spaudimo šis sprendimas atšauktas.
