일본화물철도의 역은 여객역의 동쪽에 있다. 통칭은 히가시무로란 조차장, 히가시무로란 화물역등이다. 1면 2선의 컨테이너 승강장, 착발선 5개, 구분선 개수를 가지고 있다. 컨테이너 승강장의 북쪽에 접한 컨테이너 하역선도 착발선으로 되어 있어, 착발선 하역 방식을 채택하고 있다. 컨테이너 승강장의 남쪽에 접하는 하역선은 측선이다. 영업창구인 JR화물 무로란 영업소, 승무원 기지인 무로란 종합 철도부도 역 구내에 존재한다. 또한, 남쪽에는 와시베쓰 기관구 와니시 파출소가 있어, 히가시무로란 역으로부터 선로가 나뉜다.
취급 화물
히가시무로란 역은 컨테이너 화물과 임시 차급화물의 취급역이다. 컨테이너 화물은 JR 규격의 12Ft 컨테이너만 취급하고 있다. 취급품은 종이나 설탕, 농산물이 많다. 산업폐기물 · 특별관리 산업폐기물의 취급 허가를 얻고 있어, 거기서부터 들어온 컨테이너 취급이 가능하다.