일제강점기 당시 고양군 은평면 홍제외리(홍제동은 홍제내리)라고 명명했으나, 해방 이후 1949년 서울특별시 서대문구로 재편입되면서 홍제의 홍(弘)자와 옛 행정구역인 은평면의 은(恩)자를 따서 홍은동(弘恩洞)이란 이름이 붙여졌다. 홍제동과 홍은동이 위치한 분지 지형에서 홍제천 북쪽이 홍은동, 남쪽이 홍제동이다.
1980년에 구 홍은4동이 구 홍은2동(현재의 홍은2동이 아님)에 편입되었으며, 2008년에 구 홍은2동과 구 홍은1동이 합쳐지면서 홍은1동이 되었고 원래 홍은3동이었던 지역은 구 홍은2동이 없어지면서 대신에 홍은2동으로 이름이 바뀌었다.
