에클스턴은 1991년 영화 '렛 힘 해브 잇'의 데렉 벤틀리 역과, 같은 해인 1991년 인스펙터 모르스의 에피소드 중 하나인 "Second Time Around"로 처음으로 대중의 관심에 들어오게 되었다. 1992년 그는 BBC 드라마 미니시리즈인 '프라이데이 온 마이 마인드 (Friday on my MInd)'에서 신 매드독스 역을 맡았다.[10] 그는 텔레비전 시리즈 '크래커' (1993–94)에서 조연을 맡아 영국에서 주목을 받았다가 그가 시리즈에서 하차하고 싶다고 TV 관계자들에게 밝히자, 그 관계자들은 1994년 10월 그가 맡은 캐릭터를 작중에 등장하는 살인자인 앨비 킨셀라 (로버트 칼라일)의 희생자로 만들어 죽게 만들었다. 그 때 즈음 에클스턴은 아가사 크리스티의 미스터리 소설을 각색한 '포와로' 시리즈의 에피소드 중 하나인 "One Two, Buckle My Shoe"에 등장하기도 했다.
그는 1994년 대니 보일의 저예산 영화 '쉘로우 그레이브'에서 배우 이완 맥그레거와 함께 주연으로 출연했다. 같은 해 그는 1996년 BBC Two에서 방영되어 그를 영국 내에서 누구나 알 법한 사람으로 만들어준, BBC의 장편 드라마 시리얼인 '북쪽의 우리 친구들'에서 니키 허치슨 역을 따냈다. 에클스턴은 배우 마크 스트롱과 지나 맥키, 다니엘 크레이그와 함께 주연으로 캐스팅되었다. 1996년에는 지미 맥고번이 각본을 맡은 텔레비전 드라마 영화 '힐즈버러'에서 1989년 힐즈버러 참사에서 두 딸을 모두 잃은 남자인 '트레보어 힉스' 역에 발탁되었다. 실제로 그는 2009년 3월 트레보어 힉스의 결혼식에서 그의 들러리이기도 했다.[11]
그의 영화 활동은 '주드' (1996), '엘리자베스' (1998), '엑시스텐즈' (1999), '식스티 세컨즈' (2000), '디 아더스' (2001), '24시간 파티하는 사람들' (2002), '28일 후' (2002)의 주제역을 포함하여 세간의 이목을 끄는 다양한 역할에 발탁되면서 시작되었다. 그는 토마스 미들턴의 동명의 연극을 각색한 2002년 영화 '리벤저스 트레지디'의 주인공 역으로써 주연을 맡았다.[12] 그는 독립 영화 '루비보다 값진 것' (1998) 과 '인비저블' (2001)의 주역을 맡았다. 그는 자동차 도둑 영화 '식스티 세컨즈'의 주연을 맡았지만 2004년 1월까지 운전시험을 받지 않았다. 그는 BBC '탑 기어'에서 그의 면허가 자동변속장치를 이용한 교통수단으로 제한된다고 말했다.
그는 수많은 텔레비전 배역으로 등장해 왔는데, 특히 영국 드라마에서 그랬다. 이 드라마 중에는 채널 4의 '하츠 앤 마인즈' (1996), BBC의 '클로킹 오프' (2000)와 '플레시 앤 블러드' (2002), ITV의 '힐즈버러' (1996), '벤 자고' (이아고 역할)를 연기한 현대판 '오셀로'가 있다. 또 종교 판타지 장편 드라마 '더 세컨드 커밍' (2003)에서는 신의 아들인 스티브 백스터를 연기했다. 그는 코미디 드라마 '린다 그린' (2001)과 공포 스케치 쇼 '더 리그 오브 젠틀맨' (2001)에 게스트 출연을 하기도 했다. 에클스턴은 리즈웨스트요크셔 극장에서 2002년 공연한 '햄릿'에서 극 배역으로 등장하기도 했다. 2004년 3월에서 4월 사이 그는 새로운 연극 '엘렉트리시티'를 통해 다시 무대로 복귀하는 것으로 보였다.
에클스턴은 영국 아카데미 텔레비전 상에서 최고의 배우 부문 후보에 두 번 오른 적이 있다. 1997년에 '북쪽의 우리 친구들'을 통해 처음으로 후보에 지명되었으나, '더 프래절 하트'의 나이절 호손에게 상을 놓쳤다. 2003년에는 '더 세컨드 커밍'으로 후보에 지명되었으나 '스테이트 오브 플레이'의 빌 나이가 상을 탔다. 에클스턴은 '북쪽의 우리 친구들'로 방송언론협회 (RTS) 상 최고의 배우 부문에서 수상했다. 그는 2003년 두 번째로, '살과 피'에서 보여준 그의 연기로 인해 RTS 최고의 배우 상을 수상했다. 2004년 7월, 잡지 라디오 타임즈가 주관한 산업 분야 전문가들의 투표 결과, 에클스턴은 "텔레비전 드라마에서 가장 영향력 있는 인물"에서 19위를 차지했다.
닥터 후 (2005)
2004년 4월 2일, 에클스턴이 2005년 3월 26일에 방영이 시작된 BBC의 SF 텔레비전 드라마 시리즈 '닥터 후'의 부활 시리즈에서 닥터의 9번째 생애를 연기할 것이라고 발표되었다. 에클스턴은 그 간격이 3개월도 안 되긴 하지만, 드라마가 시작된 후에 태어나서 닥터 역을 연기하는 첫번째 배우였다. 2005년 3월 30일, BBC는 표면상 에클스턴으로부터, 고정 배역이 될 것을 우려한다는 이유로 오직 한 시리즈만 하고 그 역할을 떠나기로 결정했다는 성명서를 발표했다. 2005년 4월 4일 BBC는 에클스턴의 "진술"이 거짓으로 보여지고 그의 동의 없이 발표되었다고 밝혔다. BBC는 결국 1월에 그가 한 시리즈만 하기로 계획한 것을 대중에 알리지 않기로 한 합의를 자신들이 깼다고 인정했다. 성명서는 보도 기자들이 언론사로 의문을 제기한 후 만들어졌다.[13]
2005년 6월 11일 BBC 라디오와의 인터뷰 도중 당신이 '닥터 후'에서 일하는 것을 즐겼냐는 질문에서 에클스턴은 "좋기도 했고 나쁘기도 했지만, 얘기하자면 길군요."라고 대답했다. 에클스턴이 배역을 떠난 이유는 계속해서 영국 신문들의 논쟁 대상이 되었다. 2005년 10월 4일 «데일리 텔레그래프» 지의 앨런 데이비스는 에클스턴이 BBC에 의해 "혹사" 당했으며, 그는 "기진맥진"해서 배역을 그만둔 것이라고 말했다.[14] 열흘 뒤 에클스턴은 «데일리 미러» 지에게 이것은 사실이 아니었다고 말하면서, 데이비스의 기사와 관련하여 그에게 언짢은 심정을 조금 나타내기도 했다.[15] 2010년 인터뷰에서 에클스턴은 "배우와 촬영팀이 일했던 환경이나 분위기를 즐기지 못했기 때문"에 쇼를 떠났지만, 그 배역을 연기하는 것에 대해 자부심을 가졌다고 밝혔다.[16]
2008년 11월 7일 러셀 T. 데이비스는 영국 국립극장에서 그의 책 «'작가의 이야기'»를 홍보하면서, 드라마가 부활 시리즈 하나를 넘어 계속될 것인지 불확실했기 때문에 에클스턴과의 계약은 1년뿐이었다고 말했다. (지금은) 엄청난 성공을 거두어 오고 있지만 그 때에는 BBC 내에서 (성공할 지에 대한) 의심이 있었다고 그는 회고하며 말했다. 에클스턴은 닥터로서의 연기로 2005년 네셔널 텔레비전 어워즈의 "가장 유명한 배우"에 선출되었다.
2012년 7월 영국 국립극장에서 열린 대담에서 에클스턴은 '닥터 후'에서 보낸 그의 시간을 긍정적으로 말했다.[17] 이는 그가 2013년 드라마의 50주년 기념 에피소드에서 9대 닥터로 재등장하는 것을 고려중인 것으로 짐작되었다. 11대 닥터 역의 맷 스미스는 에클스턴이 돌아오기를 사랑할 것이라고 말했다.[18] 그러나 책임 프로듀서 스티븐 모팻과의 논의 끝에, 에클스턴은 그의 배역을 거절했다.[19]
2006년 3월 에클스턴은 ITV의 다큐멘터리 스페셜 Ever Muppet Moments에 해설자로 등장했다. 2006년 5월에는 그가 살고 있는 도시인 셀퍼드에 있는 더 로우리 극장의 '로미오와 줄리엣' 연극에서 내레이터로 등장했다. 그가 함께 공연한 극단 Celebrity Pig는 학습 장애가 있는 배우들로 구성되어 있다. 그는 극단의 후원자이기도 하다. 2006년 8월에 엘리자베스 모스와 함께 New Orleans, Mon Amour를 찍었다. 영화는 마이클 알메레이다 감독으로 허리케인 카트리나 이후의 뉴올리언스에서 촬영한 것이다. 2008년 미국과 이탈리아 영화 축제에서 개봉하였다.
2006년 말 에클스턴은 ITV의 드라마 《완벽한 부모들》에 출연했다. 이 드라마의 감독은 <닥터 후>에서 감독을 맡기도 했던 존 애헌으로, 각본도 같이 맡았다.[22] 이후 NBC TV 시리즈 《히어로즈》의 "Godsend" 에피소드 (2007년 1월 22일 방영)에 출연했다. 클로드란 이름의 등장 인물로, 투명 능력을 갖추고 있으며 그 힘으로 피터 피트럴리를 돕는다.[23] 한편 수전 쿠퍼의 소설 《어둠이 몰려온다》 (The Dark Is Rising Sequence)를 각색하여 2007년 10월 5일 미국에서 개봉된 극장판 《싸인 씨커》에서도 주연으로 출연하였다.
2008년 2월 에클스턴은 BBC Four의 월드 시네마 어워드 쇼에 출연하여 조너선 로스, 아키 판자비와 함께 <타인의 삶>과 <판의 미로>를 비롯한 다섯 개의 해외 히트작에 담긴 가치를 논했다. 2009년에는 단편 영화 <The Happiness Salesman>에서 아키 판자비의 상대역으로 출연했는데, 영화 출연을 승낙한 것은 판자비 때문이라고 밝혔다. 이 영화는 영국 단편영화 대회에서 1위를 차지하기도 했다. 같은 시기 헐리우드 영화 《지.아이.조: 전쟁의 서막》에서 악당 데스트로 역을 맡아 화제가 되기도 했다.[24] 이후 미국의 시트콤 《새라 실버맨 프로그램》의 한 에피소드에 출연하기도 했는데, 작중에 등장하는 드라마에서 설정상 컬트 공상과학 영웅으로 등장한다. 이름은 '닥터 레이저 레이지'로 에클스턴이 《닥터 후》에서 짧게 출연한 것을 염두에 둔 것으로 보인다.
O2011년 12월 31일, 에클스턴은 메리 노튼의 어린이 소설 《난쟁이 가족》을 각색한 BBC One 드라마판에서 팟 클락 역을 맡았다. 2012년 7월에는 BBC One의 정치 스릴러 드라마 《블랙아웃》에 출연하였다. 같은 달 로열 내셔널 시어터에서 막을 올린 연극 <안티고네>에서 크레온 역을 맡아, 연기가 "카리스마" 있고 "강렬하다"는 평을 받았다.[27]
