1929년에 설립했으며 당시 쿠바는 미국의 지지를 받았던 마차도 정권이 권력을 잡고 있었다. 초기에는 미국과 긴밀한 협조 속에 사업을 진행했다. 1932년에는 팬암의 자회사로 편입됐다. 1945년에 첫 정기 국제 노선으로 미국플로리다주마이애미에 취항했다. 1959년피델 카스트로 정권이 들어서면서 미국과 국교가 단절된 동시에 팬아메리칸 월드 항공에서 분리했지만, 쿠바 국내의 여러 군소 항공사들을 합병하여 국영 기업으로 변화하게 되었다. 이후 소련과 우호적인 관계를 유지하며 1963년 당시 세계에서 가장 긴 항로였던 모스크바 ~ 아바나 국제선을 신설했다. 하지만 1990년대 이후 재정 부족과 새 항공기 구입에 대한 서구의 지원 부족, 미국의 금수 조치로 인해 옛 소련제 중고 여객기를 대체하지 못하고 그대로 운용했다. 2004년부터 2012년까지 새로운 러시아제 비행기를 구입하는 장기적인 혁신 계획에 들어갔다.
