덴쇼 17년 (1589년)부터 도요토미 정권에서는 여러 다이묘의 아내와 아이를 쥬라쿠테이, 후시미성, 오사카성죠카에 건설된 무가 저택에 거주시켰는데, 코마츠히메도 그에 따라 노부유키의 저택에 거주했을 것으로 보인다. 코마츠히메가 시집갈 당시, 노부유키는 이미 사나다 노부츠나의 딸 (세이인인덴)을 정실로 맞이하고 있었는데, 이후 기록에서 세이인인덴은 "家女"로 기록되어 측실 대우를 받게 된 것으로 보인다. 이로써 노부유키와 코마츠히메의 혼인 이후, 성주와 그 가족 생활터인 "오쿠(奥)"를 관장할 권리 전반이 코마츠히메에게 옮겨졌다고 볼 수 있다. 한편, 역사학자 쿠로다 모토키는 그러한 서열로 표현하는 것이 타당한지의 여부는 재고의 여지가 있다며, 정권 본거지에 거주하는 코마츠히메가 대외적인 활동을 하는 아내, 노부유키의 영지인 코즈케국누마타성에 살고있는 세이인인덴이 영지에서의 아내로서의 역할을 담당한 것이 아닌가 추측하고 있다.
노부유키에게는 3남 2녀의 자녀가 있었는데, 장남 노부요시를 제외한, 장녀 만, 차녀 마사, 차남 노부마사, 3남 노부시게는 코마츠히메의 소생으로 여겨지고 있다. 또한, 장남 노부요시에 대해서는 세이인인덴의 친자라는 설과 코마츠히메의 친자라는 설이 있다.
게이초 5년 (1600년) 9월, 세키가하라 전투 전후 처리 때, 노부유키는 이에야스가 이끄는 동군에 속해 전공을 세웠기 때문에, 원래의 코즈케국 누마타령 (이와히즈령 포함)을 안도받았는데, 아버지 마사유키가 다스리던 시나노국 우에다령, 동생 노부시게의 지행을 가증받았다. 이로써 노부유키는 8만 4천석, 또는 우에다령 (약 6만 5천석)과 누마타령 (약 3만 석)을 합쳐 9만 5천석의 다이묘로서 존속하게 되었다.
서군에 속한 마사유키와 노부시게는 노부유키와 코마츠히메의 아버지 혼다 타다카츠와 혼다 마사노부 등의 탄원도 있어, 키이국고야산으로 유배가게 되었지만, 그 후에도 노부유키는 마사유키, 노부시게 일행의 원조를 했고, 병을 앓은 마사유키의 구명 탄원을 반복했다. 또한, 마사유키가 노부유키의 가신에게 보낸 서한이 고료인 (코마츠히메)의 소식에 감사를 표하는 애용이 기록되어 있어, 남편과 마찬가지로 코마츠히메도 마사유키를 배려했을 것으로 추측된다.
이후, 이에야스는 게이초 8년 (1603년)에 정이대장군에 취임하여 정무를 행하고, 도요토미 정권과 마찬가지로 여러 다이묘의 아내와 자식들을 정권 본거지에 거주하게 했는데, 코마츠히메도 에도의 다이묘 저택에 거주한 것으로 보인다. 다만, 처음에는 노부유키의 어머니 야마노테도노가 에도 저택에, 누마타성에는 코마츠히메가 거주하고, 게이초 18년 (1613년) 6월에 야마노테도노가 사망한 소식을 듣고, 코마츠히메가 에도의 저택으로 옮겨 살았다고도 추측된다.
코마츠히메의 아버지 혼다 타다카츠는 세키가하라 전투의 공적으로 이세국쿠와나번으로 이봉되었고, 오타키번은 코마츠히메의 동생 타다토모가 이었다. 이 시기 타다카츠로부터는 노부유키의 가신 유모토 사부로우에몬 위독 앞으로 코마츠히메를 배려하는 서한이 보내져, 노부유키와 타다카츠 일족 사이에 친밀한 관계가 구축되는 등, 코마츠히메와의 친척을 통해 교류가 도모되었다.
게이초 19년 (1614년)부터 게이초 20년 (1615년)의 오사카의 진에서, 병 요양 중인 노부유키를 대신해, 장남 노부요시와 차남 노부마사가 혼다 타다토모의 군 휘하에 들어가 출진하였다. 코마츠히메에게서는 겨울의 진 때, 노부유키의 중신 키무라 츠나나리와 그의 아내에게, 노부유키는 병 요양때문에 출진이 이루어지지 않은 것, 노부요시와 노부마사가 누마타성에서 급히 출진한 것, 노부시게가 오사카성에 입장한 것을 알리는 내용의 서장이, 여름의 진때에는 노부요시의 가신 안나카 사쿠자에몬 앞으로 "카와치도노 (노부요시)에 대해서는 젊기 때문에, 이즈도노 (노부유키)처럼 할 수 없을 것입니다. (중략) 이즈도노를 해임해 진중정을 맡기고 봉공을 부탁합니다" 라고 전투 경험이 부족한 노부요시를 배려해, 그의 보좌를 의뢰하는 서장이 남아있다.
말년과 사망
양부 이에야스는 에도 막부 개설 이래 정토종을 보호하는 정책을 펼쳤으나, 무사시국코노스쥬쿠에 있는 쇼간지의 2세 주지 円誉不残에게 귀의했다. 円誉는 불교학에 정통한 학승이었기 때문에, 이에야스의 어전에서 교리 해석을 하는 등 중용되었다. 코마츠히메도 이에야스의 권유로 円誉에게 귀의하였으나, 동시에 약사여래상을 배령하여 평생 신앙을 이어갔다.
겐나 6년 (1620년) 봄, 코마츠히메는 병을 앓아 쿠사츠 온천에서의 탕치(湯治)를 위해, 에도에서 쿠사츠로 향하던 중, 2월 24일 (3월 27일) 무사시국 코노스에서 죽었다. 향년 48세, 계명은 大蓮院殿英誉皓月大禅定尼이다.
무덤은 앞에 쓴 쇼간지와 코즈케국 누마타에 있는 쇼가쿠지, 시나노국 우에다에 있는 호센지 (당시는 조후쿠지)의 3개 사찰로 분골되었다. 이 중, 시나노국 우에다의 호센지의 묘는 1주기 때 노부유키에 의해 건립되었다. 또한 무사시국의 쇼간지에 있는 묘는 코마츠히메가 생전에 같은 절의 2세 주지 円誉不残에게 깊이 귀의하고 있었기 때문에 차녀 미슈인에 의해 묘석이 건립된 것이며, 3남 노부시게 부부의 묘도 나란히 세워져 있다.
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