2호선 충원먼역에는 모두 6개의 출구가 있다.(A1 북서쪽, A2 북서쪽 동, B1 북동쪽 동, B2동 북서쪽, C 남동쪽, D1 남서쪽.) 5호선 충원먼역은 모두 4개의 출구를 가지고 있다. 그러나 5호선 개통 이후 융허궁·둥단 등 환승역은 모두 출구 번호가 중복되는 문제가 발생했다. 5호선만의 문제에도 불구하고 출구 명칭의 모호함은 승객들에게 어느 정도 문제가 되고 있다.[2] 2016년 10월 이후 충원먼역은 기존 5호선 A출구, B출구, C출구, D출구가 각각 E출구, F출구, G출구, H출구로 바뀌었다.[3]