1576년 외숙 기마랑이스 공작 두아르트 2세이 남계후사 없이 사망하여 주앙은 기마랑이스 공작위를 이어받았다. 1580년 이후 스페인과 포르투갈은 동군연합의 관계에 있었지만 포르투갈의 자치권을 인정했던 펠리페 2세와는 달리 이후의 스페인 국왕들은 포르투갈 귀족들을 소외시키고 정복 전쟁에 필요한 자금을 포르투갈에서 충당함으로써 포르투갈인들의 불만을 샀다.
1640년 7월에 발생한 카탈루냐의 폭동 진압에 스페인 재상 콘데두케 데 올리바레스)가 포르투갈 병력을 이용한 것이 촉발제가 되어 쿠데타가 발생하였다.[3] 브라간사 공작 주앙이 포르투갈의 귀족들과 함께 스페인 총독을 몰아내고 같은 해 포르투갈의 국왕 주앙 4세로 즉위했다. 즉위 후 스페인과의 독립전쟁은 28년간 이어졌으며 스페인으로부터 독립을 인정받은 것은 그의 아들 아폰수 6세때인 1668년이 되어서다.[4]
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