노치세 산성을 중심으로 와카사슈고 다케다 가문이 오바마 지역을 다스린 후, 오다 노부나가가 긴키 전역을 제패하자, 그의 가신 니와 나가히데가 영주로 부임해 와 입성한 뒤, 아사노 나가마사, 기노시타 가쓰토시로 영주가 교체되었다.
세키가하라 전투에서 서군에 가담한 기노시타 가쓰토시의 영지가 몰수되어, 대신 동군에 속해 공을 세운 교고쿠 다카쓰구가 와카사 1국을 영지로 받아 입성한다. 그리고, 다음해인 1601년 오바마 성의 축성을 시작했다. 다카쓰구는 가신 안요지 사부로사에몬과 아카오 이즈노카미에게 설계를 명했고, 소토모의 돌을 모아 성을 쌓았다. 하지만, 교고쿠 가문은 에도 성 축성 때의 부역에 동원되었고, 좀처럼 공사가 진척되지 않았다.
1871년(메이지 4년) 성의 혼마루에 현청을 건립하던 중, 실화로 성의 대대분의 건조물이 소실되고, 1872년(메이지 5년) 혼마루 터에 사카이 가문 초대 번주 사카이 다다카쓰를 모시는 오바마 신사가 건립되었다. 1956년(쇼와 31년) 성터는 후쿠이 현 지정사적에 등재되었고, 오바마 시에서는 2004년(헤이세이 16년)부터 10년간 시민들의 모금을 통해 성터에 천수각을 복원할 계획에 있다.