시냅스 가지치기(영어: synaptic pruning)는 신경계 발달 과정의 한 단계로, 사람을 포함한 많은 포유류에서 유아기와 사춘기 사이에서 일어나는 시냅스 제거 과정이다.[1] 가지치기는 출생 직후부터 시작되어 20대 후반까지 계속된다.[2] 시냅스가 가지치기를 하는 동안 축삭돌기와 가지돌기는 모두 붕괴되어 죽는다. 전통적으로 시냅스 가지치기는 성적 성숙 시점에 완료된다고 여겨졌지만 MRI 연구에서는 이 개념이 부정되었다.[3]