엘리너와 프레더릭 리틀 부부는 인간 아이를 입양하기 위해 고아원을 방문했다가 대신 고아 쥐 스튜어트를 데려온다. 하지만 조지는 스튜어트를 동생으로 받아들이길 거부하고, 집고양이 스노벨은 설치류 애완동물 신세가 된 걸 치욕으로 여긴다. 스튜어트는 공허감을 느끼며 생부모를 궁금해한다.
스튜어트는 무선조종 배 경주 대회를 통해 조지와 가까워지고, 조지는 스튜어트를 동생으로 인정한다. 하지만 스노벨, 그리고 스모키가 이끄는 길고양이 불한당은 스튜어트를 집에서 쫓아내기 위해 음모를 꾸민다.
곧 쥐 부부 레지와 커밀 스타우트가 리틀 부부를 찾아온다. 이들은 본인들을 스튜어트 친부모라고 소개하며 과거 가난 때문에 할 수 없이 스튜어트를 고아원에 보내야만 했다고 털어놓는다.
스튜어트를 억지로 보내고 괴로워하던 리틀 부부는 스튜어트 근황을 확인하기 위해 방문한 고아원장을 통해 스튜어트 친부모는 이미 몇 년 전 사고사했다는 사실을 알게 된다. 스튜어트가 납치됐음을 깨달은 리틀 부부는 스튜어트를 찾기 위해 사방을 뒤지고, 이에 스모키는 스튜어트를 아예 죽여버리기로 결심한다.
스모키의 협박에 못 이겨 협조해왔던 스타우트 부부는 스튜어트에게 진실을 털어놓고, 스튜어트는 기뻐한다. 스튜어트는 스모키 일당의 습격을 간신히 피해 집에 도착한다. 하지만 가족들은 스튜어트 실종 전단지를 붙이기 위해 모두 밖에 나가있는 상태. 여전히 질투심에 차있는 스노벨은 가족들이 스튜어트가 사라진 것을 축하하며 밖에서 놀고 있다고 거짓말을 한다. 스튜어트는 슬퍼하며 집을 떠나는데...
